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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8a9z | |||||||||||||||
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Title | Tubulin-[1,2]oxazoloisoindole-2e complex | |||||||||||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Prota, A.E. / Abel, A.-C. / Steinmetz, M.O. / Barraja, P. / Montalbano, A. / Spano, V. | |||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Development of [1,2]oxazoloisoindoles tubulin polymerization inhibitors: Further chemical modifications and potential therapeutic effects against lymphomas. Authors: Barreca, M. / Spano, V. / Rocca, R. / Bivacqua, R. / Abel, A.C. / Maruca, A. / Montalbano, A. / Raimondi, M.V. / Tarantelli, C. / Gaudio, E. / Cascione, L. / Rinaldi, A. / Bai, R. / ...Authors: Barreca, M. / Spano, V. / Rocca, R. / Bivacqua, R. / Abel, A.C. / Maruca, A. / Montalbano, A. / Raimondi, M.V. / Tarantelli, C. / Gaudio, E. / Cascione, L. / Rinaldi, A. / Bai, R. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Alcaro, S. / Hamel, E. / Bertoni, F. / Barraja, P. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 901.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 737.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8a9tC ![]() 5lxtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 3 molecules ACE
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | | ![]() Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Tubulin beta-2B ... , 2 types, 3 molecules BDF
#2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 454 molecules ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/LO9.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/LO9.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ![]() #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ![]() #9: Chemical | ChemComp-MES / | ![]() #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-ACP / | #12: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.6 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 4% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 26, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→49.887 Å / Num. obs: 252262 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.019 % / Biso Wilson estimate: 52.27 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.225 / Rrim(I) all: 0.243 / Χ2: 0.748 / Net I/σ(I): 8.45 / Num. measured all: 1770704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5LXT Resolution: 2.294→49.887 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.294→49.887 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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