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- PDB-8a6e: 100 picosecond light activated crystal structure of bovine rhodop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a6e
タイトル100 picosecond light activated crystal structure of bovine rhodopsin in Lipidic Cubic Phase (SACLA)
要素Rhodopsinロドプシン
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Opsin
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / podosome assembly / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / podosome assembly / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / G protein-coupled photoreceptor activity / photoreceptor inner segment membrane / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / photoreceptor outer segment / response to light stimulus / G-protein alpha-subunit binding / sperm midpiece / 視覚 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / 遺伝子発現 / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
ラウリン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / パルミチン酸 / レチナール / ロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gruhl, T. / Weinert, T. / Rodrigues, M.J. / Milne, C.J. / Ortolani, G. / Nass, K. / Nango, E. / Sen, S. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. ...Gruhl, T. / Weinert, T. / Rodrigues, M.J. / Milne, C.J. / Ortolani, G. / Nass, K. / Nango, E. / Sen, S. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Furrer, A. / Mous, S. / Skopintsev, P. / James, D. / Dworkowski, F. / Baath, P. / Kekilli, D. / Oserov, D. / Tanaka, R. / Glover, H. / Bacellar, C. / Bruenle, S. / Casadei, C.M. / Diethelm, A.D. / Gashi, D. / Gotthard, G. / Guixa-Gonzalez, R. / Joti, Y. / Kabanova, V. / Knopp, G. / Lesca, E. / Ma, P. / Martiel, I. / Muehle, J. / Owada, S. / Pamula, F. / Sarabi, D. / Tejero, O. / Tsai, C.J. / Varma, N. / Wach, A. / Boutet, S. / Tono, K. / Nogly, P. / Deupi, X. / Iwata, S. / Neutze, R. / Standfuss, J. / Schertler, G.F.X. / Panneels, V.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation192760 スイス
Swiss National Science Foundation153145 スイス
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Ultrafast structural changes direct the first molecular events of vision.
著者: Gruhl, T. / Weinert, T. / Rodrigues, M.J. / Milne, C.J. / Ortolani, G. / Nass, K. / Nango, E. / Sen, S. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Furrer, A. / Mous, S. / Skopintsev, P. / James, D. / ...著者: Gruhl, T. / Weinert, T. / Rodrigues, M.J. / Milne, C.J. / Ortolani, G. / Nass, K. / Nango, E. / Sen, S. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Furrer, A. / Mous, S. / Skopintsev, P. / James, D. / Dworkowski, F. / Bath, P. / Kekilli, D. / Ozerov, D. / Tanaka, R. / Glover, H. / Bacellar, C. / Brunle, S. / Casadei, C.M. / Diethelm, A.D. / Gashi, D. / Gotthard, G. / Guixa-Gonzalez, R. / Joti, Y. / Kabanova, V. / Knopp, G. / Lesca, E. / Ma, P. / Martiel, I. / Muhle, J. / Owada, S. / Pamula, F. / Sarabi, D. / Tejero, O. / Tsai, C.J. / Varma, N. / Wach, A. / Boutet, S. / Tono, K. / Nogly, P. / Deupi, X. / Iwata, S. / Neutze, R. / Standfuss, J. / Schertler, G. / Panneels, V.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: ULTRAFAST STRUCTURAL CHANGES DIRECT THE FIRST MOLECULAR EVENTS OF VISION
著者: Gruhl, T. / Weinert, T. / Rodrigues, M. / Milne, C.J. / Ortolani, G. / Nass, K. / Nango, E. / Sen, S. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Furrer, A. / Mous, S. / Skopintsev, P. / James, D. / ...著者: Gruhl, T. / Weinert, T. / Rodrigues, M. / Milne, C.J. / Ortolani, G. / Nass, K. / Nango, E. / Sen, S. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Furrer, A. / Mous, S. / Skopintsev, P. / James, D. / Dworkowski, F. / Bath, P. / Kekilli, D. / Ozerov, D. / Tanaka, R. / Glover, H. / Bacellar, C. / Brunle, S. / Casadei, C.M. / Diethelm, A.D. / Gashi, D. / Gotthard, G. / Guixa-Gonzalez, R. / Joti, Y. / Kabanova, V. / Knopp, G. / Lesca, E. / Ma, P. / Martiel, I. / Muhle, J. / Owada, S. / Pamula, F. / Sarabi, D. / Tejero, O. / Tsai, C.J. / Varma, N. / Wach, A. / Boutet, S. / Tono, K. / Nogly, P. / Deupi, X. / Iwata, S. / Neutze, R. / Standfuss, J. / Schertler, G.F. / Panneels, V.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
B: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,32324
ポリマ－78,1152
非ポリマー7,20822
水2,522140
1
A: Rhodopsin
ヘテロ分子

B: Rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,32324
ポリマ－78,1152
非ポリマー7,20822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area6270 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.290, 90.810, 150.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhodopsin / ロドプシン


分子量: 39057.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02699

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 158分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 9 / 詳細: 36 % PEG 600, 100 mM Bicine pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10.47 Å / Num. obs: 78209 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 679.1 % / Biso Wilson estimate: 22.18 Å2 / CC1/2: 0.9947 / CC star: 0.9987 / R split: 0.0968 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 487.5 % / Num. unique obs: 7715 / CC1/2: 0.5695 / CC star: 0.8519 / R split: 1.1103 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U19

1u19


解像度: 1.8→10.47 Å / SU ML: 0.4424 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 48.8986
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3692 989 1.45 %
Rwork0.3315 67060 -
obs0.332 68049 87.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4801 0 371 140 5312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00265497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62257453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3952017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.890.68541350.60648723X-RAY DIFFRACTION80.45
1.89-2.010.58651310.55428838X-RAY DIFFRACTION81.26
2.01-2.170.51971330.48129249X-RAY DIFFRACTION84.62
2.17-2.380.44981350.4119524X-RAY DIFFRACTION86.99
2.38-2.720.34611470.34439841X-RAY DIFFRACTION89.82
2.72-3.410.35581530.275510270X-RAY DIFFRACTION92.62
3.41-10.470.2611550.235310615X-RAY DIFFRACTION93.36
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.37830499568 Å / Origin y: 28.2035009845 Å / Origin z: 37.5163391175 Å
111213212223313233
T0.208601281709 Å2-0.0167744174404 Å20.051044864507 Å2-0.171187278638 Å2-0.0049247669886 Å2--0.208807403157 Å2
L0.62355998184 °2-0.257988854853 °2-0.292415319171 °2-0.314037909666 °20.0376387620245 °2--0.366500066464 °2
S-0.0169087660468 Å °-0.00450641389166 Å °0.0574176037807 Å °0.00199217782803 Å °-0.00933552316931 Å °-0.00400743754689 Å °0.00487945743225 Å °-0.0171830025341 Å °1.94627362492E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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