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万見
- PDB-8a5y: S. cerevisiae apo unphosphorylated APC/C. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a5y
タイトルS. cerevisiae apo unphosphorylated APC/C.
要素(Anaphase-promoting complex subunit ...後期促進複合体) x 13
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / APC/C (後期促進複合体) / ubiqutiniation / D-box / Cdh1
機能・相同性
機能・相同性情報


anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / : / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / 後期促進複合体 / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition ...anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / : / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / 後期促進複合体 / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein autoubiquitination / reciprocal meiotic recombination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin ligase inhibitor activity / mitotic sister chromatid segregation / cullin family protein binding / ligase activity / enzyme regulator activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mitotic cell cycle / cyclin binding / nuclear periphery / 動原体 / 紡錘体 / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / 細胞周期 / 細胞分裂 / ubiquitin protein ligase binding / ミトコンドリア / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15/mnd2 / Anaphase-promoting complex subunit Mnd2 / Anaphase-promoting complex, subunit 9 / Apc15p protein / Anaphase-promoting complex subunit 9 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 ...Anaphase-promoting complex subunit 15/mnd2 / Anaphase-promoting complex subunit Mnd2 / Anaphase-promoting complex, subunit 9 / Apc15p protein / Anaphase-promoting complex subunit 9 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit CDC16 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit CDC23 / Anaphase-promoting complex subunit CDC27 / Anaphase-promoting complex subunit MND2 / Anaphase-promoting complex subunit DOC1 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 9 ...Anaphase-promoting complex subunit CDC16 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit CDC23 / Anaphase-promoting complex subunit CDC27 / Anaphase-promoting complex subunit MND2 / Anaphase-promoting complex subunit DOC1 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 9 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Anaphase-promoting complex subunit SWM1 / Anaphase-promoting complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Barford, D. / Fernandez-Vazquez, E. / Zhang, Z. / Yang, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the S. cerevisiae APC/C-Cdh1 complex and comparison to apo unphosphorylated and phosphorylated states
著者: Barford, D. / Fernandez-Vazquez, E. / Zhang, Z. / Yang, J.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年7月26日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Anaphase-promoting complex subunit CDC27
J: Anaphase-promoting complex subunit CDC16
K: Anaphase-promoting complex subunit CDC16
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Anaphase-promoting complex subunit CDC27
E: Anaphase-promoting complex subunit 9
T: Anaphase-promoting complex subunit 2
U: Anaphase-promoting complex subunit 11
C: Anaphase-promoting complex subunit 1
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
D: Anaphase-promoting complex subunit CDC23
P: Anaphase-promoting complex subunit CDC23
I: Anaphase-promoting complex subunit SWM1
N: Anaphase-promoting complex subunit MND2
Q: Anaphase-promoting complex subunit 4
A: Anaphase-promoting complex subunit DOC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,130,35820
ポリマ－1,130,16117
非ポリマー1963
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area82720 Å2
ΔGint-473 kcal/mol
Surface area319840 Å2
手法PISA

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 13種, 17分子 FHJKGWETUCODPINQA

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC27 / 後期促進複合体 / Anaphase-promoting complex subunit 3 / Cell division control protein 27


分子量: 85487.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC27, APC3, SNB1, YBL084C, YBL0718 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38042
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC16 / 後期促進複合体 / Cell division control protein 16


分子量: 96282.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC16, YKL022C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09798
#3: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / 後期促進複合体 / Cell division control protein 26


分子量: 14096.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC26, HIT3, SCD26, YFR036W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14724
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 9 / 後期促進複合体


分子量: 30901.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC9, YLR102C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12107
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / 後期促進複合体


分子量: 100099.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC2, RSI1, YLR127C, L3105, L3108 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12440
#6: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / 後期促進複合体


分子量: 18887.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC11, YDL008W, D2900 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q12157, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1 / 後期促進複合体


分子量: 196372.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC1, YNL172W, N1677 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53886
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / 後期促進複合体


分子量: 79355.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC5, RMC1, YOR249C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08683
#9: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC23 / 後期促進複合体 / Cell division control protein 23


分子量: 73197.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC23, YHR166C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P16522
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit SWM1 / 後期促進複合体 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Spore wall maturation protein 1


分子量: 19377.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWM1, APC13, YDR260C, YD9320A.11, YD9320A.11c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12379
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit MND2 / 後期促進複合体 / Meiotic nuclear division protein 2


分子量: 42881.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MND2, YIR025W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40577
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / 後期促進複合体


分子量: 75345.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC4, YDR118W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q04601
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit DOC1 / 後期促進複合体 / Destruction of cyclin B protein 1


分子量: 28810.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DOC1, APC10, YGL240W, HRC283 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53068

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非ポリマー , 1種, 3分子

#14: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)COMPLEXApo unphosphorylated anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)#1-#130RECOMBINANT
2unphosphorylated apo APC/C complexCOMPLEX#1-#131RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
111.13 MDaNO
211.127 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
32Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 8.3
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris.HCl1
2250 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 9000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / C2レンズ絞り径: 51 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4362
画像スキャン横: 1 / 縦: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refinedev_4520精密化
PHENIXdev_4520精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 815009
3次元再構成解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 372535 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 10 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 274.57 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004159079
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.878579966
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05099031
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004610103
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.27777776

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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