+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a3t | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | S. cerevisiae APC/C-Cdh1 complex | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / APC/C (後期促進複合体) / ubiqutiniation / D-box / Cdh1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / ubiquitin-protein transferase activator activity / 後期促進複合体 / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle ...anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / ubiquitin-protein transferase activator activity / 後期促進複合体 / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein autoubiquitination / reciprocal meiotic recombination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / mitotic sister chromatid segregation / ubiquitin ligase inhibitor activity / ligase activity / cullin family protein binding / enzyme regulator activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mitotic cell cycle / cyclin binding / nuclear periphery / 動原体 / 紡錘体 / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / protein kinase activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / ubiquitin protein ligase binding / ミトコンドリア / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Barford, D. / Vazquez-Fernandez, E. / Zhang, Z. / Yang, J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the S. cerevisiae APC/C-Cdh1 complex 著者: Barford, D. / Vazquez-Fernandez, E. / Zhang, Z. / Yang, J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a3t.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8a3t.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a3t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/8a3t | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 15123MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Anaphase-promoting complex subunit ... , 13種, 17分子 FHJKGWEACODPINQTU
#1: タンパク質 | 分子量: 85487.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC27, APC3, SNB1, YBL084C, YBL0718 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38042 #2: タンパク質 | 分子量: 96282.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC16, YKL022C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09798 #3: タンパク質 | 分子量: 14096.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC26, HIT3, SCD26, YFR036W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14724 #4: タンパク質 | | 分子量: 30901.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC9, YLR102C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12107 #5: タンパク質 | | 分子量: 28810.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DOC1, APC10, YGL240W, HRC283 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53068 #8: タンパク質 | | 分子量: 196372.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC1, YNL172W, N1677 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53886 #9: タンパク質 | | 分子量: 79355.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC5, RMC1, YOR249C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08683 #10: タンパク質 | 分子量: 73197.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC23, YHR166C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P16522 #11: タンパク質 | | 分子量: 19377.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWM1, APC13, YDR260C, YD9320A.11, YD9320A.11c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12379 #12: タンパク質 | | 分子量: 42881.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MND2, YIR025W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40577 #13: タンパク質 | | 分子量: 75345.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC4, YDR118W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q04601 #14: タンパク質 | | 分子量: 100099.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC2, RSI1, YLR127C, L3105, L3108 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12440 #15: タンパク質 | | 分子量: 18887.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: APC11, YDL008W, D2900 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q12157, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
---|
-タンパク質 , 2種, 2分子 BS
#6: タンパク質 | 分子量: 62903.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CDH1, GI527_G0002420 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5PYD7 |
---|---|
#7: タンパク質 | 分子量: 169861.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HSL1, GI527_G0003535 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A8H4BYV4 |
-非ポリマー , 1種, 3分子
#16: 化合物 |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C) in complex with Cdh1 and Hsl1 タイプ: COMPLEX 詳細: Anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C) in complex with Cdh1 and D-box of Hsl1 substrate Entity ID: #1-#15 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 1.1893 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.3 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm / C2レンズ絞り径: 51 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12006 |
画像スキャン | 横: 1 / 縦: 1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249193 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 190.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|