PDB-8a2l: X-ray structure of TRIL-encapsulated human heavy chain ferritin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a2l

タイトル

X-ray structure of TRIL-encapsulated human heavy chain ferritin

要素

Ferritin heavy chain

フェリチン

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

human ferritin (フェリチン) / heavy chain /

antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) / encapsulation / SDS

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / : /

オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis /

ferroxidase /

ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation /

ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: A new and efficient procedure to load bioactive molecules within the human heavy-chain ferritin nanocage.
著者: Lucignano, R. / Stanzione, I. / Ferraro, G. / Di Girolamo, R. / Cane, C. / Di Somma, A. / Duilio, A. / Merlino, A. / Picone, D.

履歴

登録	2022年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a2l.cif.gz	58.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a2l.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/8a2l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a2mC 8a5nC 5n27S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (13) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.060, 183.060, 183.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-204- CL
2	1	AAA-206- MG
3	1	AAA-207- MG
4	1	AAA-212- FE
5	1	AAA-424- HOH
6	1	AAA-462- HOH
7	1	AAA-466- HOH
8	1	AAA-471- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / フェリチン / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21124.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.0 M magnesium chloride, 0.1 M bicine buffer pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→105.69 Å / Num. obs: 12183 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/av σ(I): 13 / Net I/σ(I): 0.711
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 607 / CC_1/2: 0.827 / R_pim(I) all: 0.371 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5n27

5n27

解像度: 2.301→105.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 6.106 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.197 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2236	603	4.95 %
R_work	0.1706	11580	-
all	0.173	-	-
obs	-	12183	99.787 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→105.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1424	0	13	171	1608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.637	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.59	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.896	5	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.756	23.696	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.902	15	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.124	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.017	3.376	710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.953	3.369	708
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.85	5.039	891
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.799	5.037	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.715	3.794	772
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.713	3.795	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.038	5.53	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.037	5.531	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.044	39.915	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.04	39.543	1719

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.301-2.361	0.23	42	0.229	829	X-RAY DIFFRACTION	99.8853
2.361-2.425	0.26	26	0.227	821	X-RAY DIFFRACTION	99.7644
2.425-2.496	0.235	41	0.223	797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.496-2.572	0.241	30	0.207	767	X-RAY DIFFRACTION	99.7497
2.572-2.657	0.233	39	0.188	750	X-RAY DIFFRACTION	99.8734
2.657-2.75	0.215	52	0.178	708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.854-2.97	0.253	34	0.175	686	X-RAY DIFFRACTION	99.8613
2.97-3.102	0.259	41	0.165	645	X-RAY DIFFRACTION	99.8544
3.102-3.253	0.232	32	0.153	626	X-RAY DIFFRACTION	99.8483
3.253-3.429	0.193	27	0.141	596	X-RAY DIFFRACTION	99.2038
3.429-3.637	0.214	38	0.129	550	X-RAY DIFFRACTION	99.661
3.637-3.888	0.178	21	0.129	547	X-RAY DIFFRACTION	99.4746
3.888-4.199	0.155	33	0.124	490	X-RAY DIFFRACTION	99.619
4.199-4.599	0.192	25	0.135	472	X-RAY DIFFRACTION	99.7992
4.599-5.14	0.252	30	0.154	420	X-RAY DIFFRACTION	100
5.14-5.933	0.265	20	0.213	390	X-RAY DIFFRACTION	100
5.933-7.261	0.332	8	0.179	342	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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