+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zyw | ||||||
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Title | Crystal structure of T2R-TTL-PM534 complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE/INHIBITOR / Tubulin / microtubule destabilizing agents / inhibitor / CELL CYCLE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Oliva, M.A. / Diaz, J.F. / Cuevas, C. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2024 Title: PM534, an Optimized Target-Protein Interaction Strategy through the Colchicine Site of Tubulin. Authors: Lucena-Agell, D. / Guillen, M.J. / Matesanz, R. / Alvarez-Bernad, B. / Hortiguela, R. / Aviles, P. / Martinez-Diez, M. / Santamaria-Nunez, G. / Contreras, J. / Plaza-Menacho, I. / Gimenez- ...Authors: Lucena-Agell, D. / Guillen, M.J. / Matesanz, R. / Alvarez-Bernad, B. / Hortiguela, R. / Aviles, P. / Martinez-Diez, M. / Santamaria-Nunez, G. / Contreras, J. / Plaza-Menacho, I. / Gimenez-Abian, J.F. / Oliva, M.A. / Cuevas, C. / Diaz, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zyw.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zyw.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zyw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zyw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4o2bS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 3 molecules ACE
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: Alpha tubulin-1B / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: brain / References: UniProt: P81947 #3: Protein | | Mass: 22125.301 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Stathmin-4 / Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 |
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-Tubulin beta-2B ... , 2 types, 3 molecules BDF
#2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: Beta tubulin-2B / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: Brain / References: UniProt: Q6B856 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Tubulin Tyrosine Ligase / Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 11 types, 139 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-MG / #9: Chemical | ChemComp-CL / | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-MES / | #12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-DMS / | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Mes, Imidazole, Calcium Chloride, Magnesium Chloride, L-tyrosine, Glycerol, PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979257 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 15, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979257 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→49.66 Å / Num. obs: 110428 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 58.85 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 524464 / Scaling rejects: 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4O2B Resolution: 2.45→49.66 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 218.44 Å2 / Biso mean: 78.6072 Å2 / Biso min: 29.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→49.66 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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