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- PDB-7zqt: Helicobacter pylori adhesin BabA bound to neutralising human antibody. -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zqt

タイトル

Helicobacter pylori adhesin BabA bound to neutralising human antibody.

要素

Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen
Nanobody Nb19
VH domain human IgG antibody ABbA
VL domain human IgG antibody ABbA

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / adhesin / passive immunisation /

Helicobacter (ヘリコバクター属) /

antibacterial (抗生物質)

機能・相同性

SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

Lama glama (ラマ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Moonens, K. / Boren, T.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Helicobacter pylori adhesin BabA bound to neutralising human antibody.
著者: Remaut, H.

履歴

登録	2022年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zqt.cif.gz	819.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zqt.ent.gz	606.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f8rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen

B: Nanobody Nb19

C: VH domain human IgG antibody ABbA

D: VL domain human IgG antibody ABbA

E: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen

F: Nanobody Nb19

G: VH domain human IgG antibody ABbA

H: VL domain human IgG antibody ABbA

ヘテロ分子

218 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen

B: Nanobody Nb19

C: VH domain human IgG antibody ABbA

D: VL domain human IgG antibody ABbA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen

F: Nanobody Nb19

G: VH domain human IgG antibody ABbA

H: VL domain human IgG antibody ABbA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.700, 68.400, 176.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 44 through 339 or resid 341 through 462 or resid 1001 or resid 1101))
d_2	ens_1	(chain "E" and (resid 44 through 217 or resid 223 through 1001 or resid 1101))
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	(chain "F" and resid 4 through 113)
d_1	ens_3	(chain "C" and (resid 1 through 134 or resid 142 through 195))
d_2	ens_3	(chain "G" and resid 1 through 195)
d_1	ens_4	chain "D"
d_2	ens_4	chain "H"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	GLY	A	1 - 287
d_1	2	ens_1	PRO	SER	A	289 - 400
d_1	3	ens_1	EDO	EDO	B
d_1	4	ens_1	GOL	GOL	C
d_2	1	ens_1	SER	THR	G	10 - 183
d_2	2	ens_1	VAL	SER	G	189 - 413
d_2	3	ens_1	EDO	EDO	H
d_2	4	ens_1	GOL	GOL	I
d_1	1	ens_2	GLN	VAL	D	1 - 110
d_2	1	ens_2	GLN	VAL	J	2 - 111
d_1	1	ens_3	GLN	SER	E	1 - 134
d_1	2	ens_3	THR	SER	E	136 - 189
d_2	1	ens_3	GLN	SER	K	1 - 188
d_1	1	ens_4	ASP	ARG	F	1 - 211
d_2	1	ens_4	ASP	ARG	L	1 - 211

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.175476677158, 0.920140082523, 0.350071655963), (-0.903064149446, -0.292040702464, 0.31494026432), (0.392024333121, -0.260872491151, 0.882191853058)	11.6215382561, 20.9311125545, 12.218270135
2	given	(-0.176188524144, 0.915852599624, 0.360793042785), (-0.892422301633, -0.303284356004, 0.334067410789), (0.415379392252, -0.263120913584, 0.870762507993)	12.1903783974, 22.3137814475, 11.2391532039
3	given	(-0.176979144974, 0.895353136885, 0.408682202347), (-0.898361422618, -0.316569768539, 0.304516561125), (0.402026288439, -0.31325124408, 0.860376964758)	12.51153036, 20.9418228149, 10.8502939784
4	given	(-0.156594739176, 0.900222661418, 0.406296994244), (-0.910897505821, -0.290646144584, 0.292900243306), (0.381764091492, -0.324228281475, 0.865524234172)	11.7724551957, 21.9725931441, 11.5861939367

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AE

#1: タンパク質	Adhesin binding fucosylated histo-blood group antigen 分子量: 49369.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: babA2 / Variant: 17875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O52269

-
抗体 , 3種, 6分子 BFCGDH

#2: 抗体	Nanobody Nb19 分子量: 13260.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C600
#3: 抗体	VH domain human IgG antibody ABbA 分子量: 23289.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 抗体	VL domain human IgG antibody ABbA 分子量: 23099.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG6000, 0.1M NaAc pH 5.5, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.3 Å / Num. obs: 63386 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 73.27 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / Num. unique obs: 1002 / CC_1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F8R

5f8r

解像度: 2.7→48.28 Å / SU ML: 0.429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.0693
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2811	3124	4.93 %
R_work	0.2252	60262	-
obs	0.228	63386	98.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13975	0	20	4	13999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	14254
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2623	19358
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0651	2215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0088	2516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.6241	5103

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.994323920386
ens_2	d_2	D	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.24643713156
ens_3	d_2	E	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.24632078332
ens_4	d_2	F	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.15920745549

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.74	0.4284	147	0.3713	2615	X-RAY DIFFRACTION	95.01
2.74-2.78	0.4036	122	0.3465	2701	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.78-2.83	0.3849	143	0.3364	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.83-2.88	0.4016	118	0.3369	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.88-2.94	0.4172	131	0.3164	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.94-3	0.406	148	0.3274	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.17
3-3.06	0.3731	142	0.3045	2677	X-RAY DIFFRACTION	98.84
3.06-3.14	0.4377	147	0.292	2731	X-RAY DIFFRACTION	98.76
3.14-3.21	0.3182	124	0.2798	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.21-3.3	0.3476	146	0.2773	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.3-3.4	0.3785	151	0.2772	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.28
3.4-3.51	0.342	119	0.2657	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.51-3.63	0.3399	136	0.2699	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.63-3.78	0.2818	166	0.2457	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.78-3.95	0.2975	161	0.2344	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.95-4.16	0.2825	150	0.2114	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.16-4.42	0.2359	133	0.1922	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.55
4.42-4.76	0.2422	156	0.1692	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.76-5.24	0.2386	143	0.1805	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.39
5.24-6	0.2691	148	0.1968	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.04
6-7.55	0.2349	146	0.2091	2803	X-RAY DIFFRACTION	98.96
7.55-48.28	0.2152	147	0.1903	2851	X-RAY DIFFRACTION	98.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.65962245149	1.66861520859	3.88428984211	5.3928341751	5.87100408029	8.20676968403	-0.692839459224	1.87266584841	-0.117173478294	-0.890698839212	0.366912678998	0.476547217801	-0.636561438781	2.38852099619	0.30169431052	0.735090057715	0.00578511245931	-0.101680209958	1.29561933896	-0.0999314796076	0.70635369561	12.2584026366	-18.9258264258	-80.2769946731
2	4.19754803624	0.866093435778	2.02909653085	2.69763949384	0.579820954214	6.62537675902	0.066736671984	0.297109654574	-0.161710961303	0.207947498711	0.112589052089	-0.138059293611	0.556552288768	0.510191877949	-0.203069497538	0.448492785821	-0.0490469006611	-0.0147236598428	0.60051032077	-0.137816748445	0.62844952045	19.6616185902	-16.9176578331	-42.7901267208
3	1.56501618964	-0.122343541547	1.15387840429	3.25316229503	3.00570222101	8.61339637115	-0.0865430568022	0.731001027395	0.00877685537332	-0.503303041076	-0.145123148845	0.266128862367	-0.446334889725	0.119324807989	0.212394975066	0.46509776705	-0.0513610901414	-0.060251190969	0.956100796162	-0.0484306420886	0.646246429689	8.21085557405	-14.8190604415	-70.5545951876
4	-0.00813452874588	-0.035652171237	-0.457047515148	0.98509795931	-0.373554852005	8.75600331325	-0.325741399258	1.40701014141	0.117094732565	0.317987977745	0.224576084761	0.0788320118436	-1.68232363065	0.653254592152	0.109055598428	1.35609825067	-0.0700573077245	-0.308479476942	2.20464704528	0.289184733508	1.13433621094	-1.59343022488	0.835243864075	-99.1603581002
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47	7.23870493054	6.2136940366	-2.26174457496	8.74553937724	0.0529083178737	2.3935236919	0.23711396869	-1.45247683334	-1.08647238466	-0.392290945356	-0.287505285495	-1.06374606259	1.86450234462	0.787412443513	0.090063380655	1.16445239914	0.189560982835	-0.187790186483	0.832894670098	-0.048568175665	1.10682075789	8.47544668412	-18.9213739472	57.7993225548
48	3.39264288151	1.06475942243	-0.383203670991	3.71929638026	-2.5428123556	4.96675779462	-0.623334797249	-0.362746878796	-1.0921246278	1.03436119502	0.0351174075882	-1.47550455997	-0.841090936125	1.05447733015	0.706221888683	1.11635632748	0.385575055245	-0.428430556806	1.90911249682	-0.258432016011	1.43234068616	20.6262423752	-11.3804145078	54.1531429561

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 44 through 100 )	A	A	44 - 100	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 101 through 276 )	A	A	101 - 276	58 - 228
3	3	chain 'A' and (resid 277 through 463 )	A	A	277 - 463	229 - 401
4	4	chain 'B' and (resid 4 through 18 )	B	D	4 - 18	1 - 15
5	5	chain 'B' and (resid 19 through 40 )	B	D	19 - 40	16 - 37
6	6	chain 'B' and (resid 41 through 47 )	B	D	41 - 47	38 - 44
7	7	chain 'B' and (resid 48 through 64 )	B	D	48 - 64	45 - 61
8	8	chain 'B' and (resid 65 through 83 )	B	D	65 - 83	62 - 80
9	9	chain 'B' and (resid 84 through 99 )	B	D	84 - 99	81 - 96
10	10	chain 'B' and (resid 100 through 113 )	B	D	100 - 113	97 - 110
11	11	chain 'C' and (resid 1 through 51 )	C	E	1 - 51	1 - 51
12	12	chain 'C' and (resid 52 through 73 )	C	E	52 - 73	52 - 73
13	13	chain 'C' and (resid 74 through 126 )	C	E	74 - 126	74 - 126
14	14	chain 'C' and (resid 127 through 143 )	C	E	127 - 143	127 - 137
15	15	chain 'C' and (resid 144 through 182 )	C	E	144 - 182	138 - 176
16	16	chain 'C' and (resid 183 through 195 )	C	E	183 - 195	177 - 189
17	17	chain 'D' and (resid 1 through 62 )	D	F	1 - 62	1 - 62
18	18	chain 'D' and (resid 63 through 101 )	D	F	63 - 101	63 - 101
19	19	chain 'D' and (resid 102 through 113 )	D	F	102 - 113	102 - 113
20	20	chain 'D' and (resid 114 through 150 )	D	F	114 - 150	114 - 150
21	21	chain 'D' and (resid 151 through 174 )	D	F	151 - 174	151 - 174
22	22	chain 'D' and (resid 175 through 188 )	D	F	175 - 188	175 - 188
23	23	chain 'D' and (resid 189 through 211 )	D	F	189 - 211	189 - 211
24	24	chain 'E' and (resid 35 through 55 )	E	G	35 - 55	1 - 21
25	25	chain 'E' and (resid 56 through 210 )	E	G	56 - 210	22 - 176
26	26	chain 'E' and (resid 211 through 258 )	E	G	211 - 258	177 - 224
27	27	chain 'E' and (resid 259 through 462 )	E	G	259 - 462	225 - 413
28	28	chain 'F' and (resid 3 through 18 )	F	J	3 - 18	1 - 16
29	29	chain 'F' and (resid 19 through 33 )	F	J	19 - 33	17 - 31
30	30	chain 'F' and (resid 34 through 64 )	F	J	34 - 64	32 - 62
31	31	chain 'F' and (resid 65 through 73 )	F	J	65 - 73	63 - 71
32	32	chain 'F' and (resid 74 through 83 )	F	J	74 - 83	72 - 81
33	33	chain 'F' and (resid 84 through 99 )	F	J	84 - 99	82 - 97
34	34	chain 'F' and (resid 100 through 113 )	F	J	100 - 113	98 - 111
35	35	chain 'G' and (resid 1 through 64 )	G	K	1 - 64	1 - 64
36	36	chain 'G' and (resid 65 through 83 )	G	K	65 - 83	65 - 83
37	37	chain 'G' and (resid 84 through 126 )	G	K	84 - 126	84 - 126
38	38	chain 'G' and (resid 127 through 182 )	G	K	127 - 182	127 - 175
39	39	chain 'G' and (resid 183 through 201 )	G	K	183 - 201	176 - 194
40	40	chain 'G' and (resid 202 through 220 )	G	K	202 - 220	195 - 213
41	41	chain 'H' and (resid 1 through 13 )	H	L	1 - 13	1 - 13
42	42	chain 'H' and (resid 14 through 25 )	H	L	14 - 25	14 - 25
43	43	chain 'H' and (resid 26 through 90 )	H	L	26 - 90	26 - 90
44	44	chain 'H' and (resid 91 through 113 )	H	L	91 - 113	91 - 113
45	45	chain 'H' and (resid 114 through 150 )	H	L	114 - 150	114 - 150
46	46	chain 'H' and (resid 151 through 174 )	H	L	151 - 174	151 - 174
47	47	chain 'H' and (resid 175 through 188 )	H	L	175 - 188	175 - 188
48	48	chain 'H' and (resid 189 through 211 )	H	L	189 - 211	189 - 211

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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