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- PDB-7zie: Gcf1p, multimerizes and bridges the mitochondrial DNA from Candid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zie
タイトルGcf1p, multimerizes and bridges the mitochondrial DNA from Candida albicans by a specific mechanism.
要素
  • (20-mer DNA) x 2
  • Gcf1p
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Mitochondrial DNA Recombination Compaction
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial genome maintenance / ミトコンドリア / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Gcf1p
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 溶液散乱 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tarres-Sole, A. / Sola, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)RTI2018-101015-B-100 スペイン
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Gcf1p tetramerizes upon DNA binding, revealing a novel compaction method for mitochondrial DNA in Candida albicans.
著者: Tarres-Sole, A. / Ruiz-Lopez, E. / Lyonnais, S. / Sola, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gcf1p
B: Gcf1p
W: 20-mer DNA
X: 20-mer DNA
Y: 20-mer DNA
Z: 20-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7888
ポリマ－81,6046
非ポリマー1842
水25214
1
A: Gcf1p
B: Gcf1p
W: 20-mer DNA
X: 20-mer DNA
Y: 20-mer DNA
Z: 20-mer DNA
ヘテロ分子

A: Gcf1p
B: Gcf1p
W: 20-mer DNA
X: 20-mer DNA
Y: 20-mer DNA
Z: 20-mer DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,57616
ポリマ－163,20812
非ポリマー3684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556x,-y,-z+11
Buried area29180 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area67070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.630, 96.900, 113.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 60 through 63 or resid 65...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 60 through 63 or resid 65...
d_1ens_2chain "W"
d_2ens_2chain "Y"
d_1ens_3(chain "X" and (resid 1 through 18 or resid 20))
d_2ens_3(chain "Z" and (resid 1 through 18 or resid 20))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRTHRILEILEAA60 - 6360 - 63
d_12ens_1LEULEUGLNGLNAA65 - 9665 - 96
d_13ens_1PHEPHELYSLYSAA99 - 12199 - 121
d_14ens_1ARGARGTYRTYRAA123 - 132123 - 132
d_15ens_1PHEPHETYRTYRAA134 - 149134 - 149
d_16ens_1GLUGLUGLYGLYAA151 - 179151 - 179
d_17ens_1SERSERLYSLYSAA181 - 187181 - 187
d_18ens_1LEULEUGLNGLNAA189 - 202189 - 202
d_19ens_1TYRTYRGLUGLUAA204 - 242204 - 242
d_21ens_1THRTHRILEILEBB60 - 6360 - 63
d_22ens_1LEULEUGLNGLNBB65 - 9665 - 96
d_23ens_1PHEPHELYSLYSBB99 - 12199 - 121
d_24ens_1ARGARGTYRTYRBB123 - 132123 - 132
d_25ens_1PHEPHETYRTYRBB134 - 149134 - 149
d_26ens_1GLUGLUGLYGLYBB151 - 179151 - 179
d_27ens_1SERSERLYSLYSBB181 - 187181 - 187
d_28ens_1LEULEUGLNGLNBB189 - 202189 - 202
d_29ens_1TYRTYRGLUGLUBB204 - 242204 - 242
d_11ens_2DTDTDTDTWC1 - 201 - 20
d_21ens_2DTDTDTDTYE1 - 201 - 20
d_11ens_3DADADADAXD1 - 201 - 20
d_21ens_3DADADADAZF1 - 201 - 20

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

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要素

#1: タンパク質 Gcf1p


分子量: 28543.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: GCF1, orf19.400, CAALFM_C108550CA / プラスミド: pGEX-T-4T1
詳細 (発現宿主): pGEX plasmid containing a TEV cleavage site downstream of the GST-tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q59QB8
#2: DNA鎖 20-mer DNA


分子量: 6111.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 20-mer DNA


分子量: 6147.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
溶液散乱

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 20% PEG 1000 0.1M Na/K-phosphate pH 6.2 0.1M NaCl 3% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.981664, 1.0
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9816641
211
反射解像度: 2.9→73.57 Å / Num. obs: 16672 / % possible obs: 98.57 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 101.08 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03739 / Net I/σ(I): 10.07
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 1587 / CC1/2: 0.319 / CC star: 0.695 / % possible all: 92.55

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MxCuBE1.20_4459データ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→73.57 Å / SU ML: 0.5136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.3003
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 1656 9.98 %
Rwork0.2112 14933 -
obs0.2164 16589 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 124.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→73.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 1628 12 14 4758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00745002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98847040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.41672046
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06931516464
ens_2d_2YX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.775323663478
ens_3d_2ZX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.831263097097
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.47571280.46561129X-RAY DIFFRACTION92.7
2.99-3.080.42181290.39181204X-RAY DIFFRACTION97.09
3.08-3.190.44711390.34921223X-RAY DIFFRACTION98.55
3.19-3.320.35571380.29091238X-RAY DIFFRACTION99.06
3.32-3.470.32481310.26751228X-RAY DIFFRACTION98.62
3.47-3.650.33031370.23611235X-RAY DIFFRACTION99.78
3.65-3.880.32631400.22281247X-RAY DIFFRACTION99.28
3.88-4.180.30011400.20811256X-RAY DIFFRACTION99.71
4.18-4.60.22851370.17691241X-RAY DIFFRACTION99.57
4.6-5.270.26221420.1981275X-RAY DIFFRACTION99.79
5.27-6.640.26961440.22491295X-RAY DIFFRACTION99.93
6.64-73.570.18741510.16471362X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1565867131150.683114785891-0.1617954397541.7580574718-1.145023119862.49874808214-0.2778614073130.191834080072-0.239919929692-0.6822304046150.164815069654-0.2084409729570.6279445931080.4794879521120.1666573405792.08225497399-0.02895885370920.0576403775130.776514524917-0.003506144016080.79541695449477.53997002338.434044873325.8728581192
20.990584366597-0.5110873476381.556906860268.345532036531.68245038752.0411843965-0.2658228007350.09328361872260.278805779354-0.5216765905590.268603913816-0.1901715843780.382194227492-0.1505395366190.004170268922261.83985629129-0.04291758549020.05261491545380.508544500579-0.01720482080010.7247366322470.351188168938.016477339421.6259952744
30.992082949882-0.7088048463121.783445142424.8045036895-1.970382506122.15471456102-0.459733496639-0.3172332083450.3917319338171.453302212130.0363059317269-0.20030821024-0.446762731305-0.3181640538730.3778547386111.718170325440.08693153673810.03189318887570.7057725138350.001534041011160.68822715858988.628168457830.680076944549.2459425013
41.600566021210.491606971784-0.9775926889381.140925891083.547311048949.78972541987-0.1313251412350.193733944037-0.148353657892-0.724257217784-0.196039193949-0.128880721653-0.0618369885338-0.2560956240140.3170496629322.012195076040.0749364271815-0.05599037633270.5533180884140.03710762555410.7712156417696.839856416237.09591617921.5199224975
52.11689424267-9.57410082748-6.092636670151.989619437491.977649287422.034310337781.32711693421.07766431635-2.12641148451.37220247547-2.464998347921.04373978283-0.573669595703-3.91858033381.320357311311.474061221640.211956838455-0.2971139442442.10430204524-0.1443363387451.4263892678980.9028944768-3.4155481769541.0597697053
67.278269146983.70624936244-3.850852022222.43768312444-0.5756303325498.233466369120.526894167963-0.795375792166-0.5733219016222.60657084982-0.1858593208210.15381118808-0.6884968781160.0234726409286-0.3328515644951.366915999620.103306782061-0.05731960856860.808549279750.08370729757670.68643114423489.517229372420.777766376622.9069617136
77.092249112122.69321100273-3.227730907466.10620407428-6.766460838953.250976332970.005597420991-0.4893596368260.323293993612-1.32042677265-0.164500506499-0.009353646540610.948015148810.4524148830380.2066612795581.545218177780.1338674318490.02713596731710.610629007344-0.1039613230620.61034140571887.527891661220.094740663220.3410587313
89.405482590414.175622454354.602013985227.584326980770.2516406996137.24922874654-0.751606077805-0.738095804978-0.738030206552-1.88902975468-0.4037400332540.07177685828111.93048086448-0.3026563299110.8689406418083.100922528470.622457784708-0.2795965658291.10907059879-0.08302328795230.98542514363188.0873098494-2.9632762233242.6168758752
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 60 through 156 )AA60 - 1561 - 97
22chain 'A' and (resid 157 through 242 )AA157 - 24298 - 183
33chain 'B' and (resid 60 through 154 )BB60 - 1542 - 96
44chain 'B' and (resid 155 through 243 )BB155 - 24397 - 185
55chain 'W' and (resid 1 through 5 )WC1 - 5
66chain 'W' and (resid 6 through 20 )WC6 - 20
77chain 'X' and (resid 1 through 15 )XD1 - 15
88chain 'X' and (resid 16 through 20 )XD16 - 20
99chain 'Y' and (resid 1 through 10 )YE1 - 10
1010chain 'Y' and (resid 11 through 20 )YE11 - 20
1111chain 'Z' and (resid 1 through 15 )ZF1 - 15
1212chain 'Z' and (resid 16 through 20 )ZF16 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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