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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zgy | |||||||||
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タイトル | S-layer Deinoxanthin Binding Complex, C3 symmetry | |||||||||
要素 | S-layer protein SlpA | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN / S-layer / deinococcus radiodurans / DR_2577 / S-layer Deinoxanthin Binding Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane / lipid binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Farci, D. / Piano, D. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: The cryo-EM structure of the S-layer deinoxanthin-binding complex of Deinococcus radiodurans informs properties of its environmental interactions. 著者: Domenica Farci / Patrycja Haniewicz / Daniele de Sanctis / Luca Iesu / Sami Kereïche / Mathias Winterhalter / Dario Piano / 要旨: The radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans is known as the world's toughest bacterium. The S-layer of D. radiodurans, consisting of several proteins on the surface of the cellular ...The radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans is known as the world's toughest bacterium. The S-layer of D. radiodurans, consisting of several proteins on the surface of the cellular envelope and intimately associated with the outer membrane, has therefore been useful as a model for structural and functional studies. Its main proteinaceous unit, the S-layer deinoxanthin-binding complex (SDBC), is a hetero-oligomeric assembly known to contribute to the resistance against environmental stress and have porin functional features; however, its precise structure is unknown. Here, we resolved the structure of the SDBC at ∼2.5 Å resolution by cryo-EM and assigned the sequence of its main subunit, the protein DR_2577. This structure is characterized by a pore region, a massive β-barrel organization, a stalk region consisting of a trimeric coiled coil, and a collar region at the base of the stalk. We show that each monomer binds three Cu ions and one Fe ion and retains one deinoxanthin molecule and two phosphoglycolipids, all exclusive to D. radiodurans. Finally, electrophysiological characterization of the SDBC shows that it exhibits transport properties with several amino acids. Taken together, these results highlight the SDBC as a robust structure displaying both protection and sieving functions that facilitates exchanges with the environment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zgy.cif.gz | 513.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zgy.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zgy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zgy_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zgy_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zgy_validation.xml.gz | 112.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zgy_validation.cif.gz | 159.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 123835.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 参照: UniProt: Q9RRB6 |
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-非ポリマー , 5種, 21分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CU / #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: S-layer Deinoxanthin Binding Complex, C3 Symmetry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.8 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252122 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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