PDB-7zgg: Crystal Structure of Amycolatopsis jejuensis Multiple Inositol Po...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zgg

タイトル

Crystal Structure of Amycolatopsis jejuensis Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase, phosphate-bound

要素

Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

phytase / histidine phosphatase / MINPP /

Amycolatopsis

機能・相同性

リン酸塩

機能・相同性情報

生物種

Amycolatopsis jejuensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Amycolatopsis jejuensis Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase, apo-protein
著者: Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2022年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zgg.cif.gz	418.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zgg.ent.gz	282.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zgfC 6rxdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

B: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

ヘテロ分子

94 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.887, 86.910, 70.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.928, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Multiple inositol-polyphosphate phosphatase / 分子量: 46871.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis jejuensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle Express T7 / 参照: EC: 3.1.3.62
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.28 % / 解説: plate clusters
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M NaThiocyanate, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.659→69.93 Å / Num. obs: 97117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 13.12 Å² / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.66-1.72	1.151	1	9679	0.215	1.627	99.5
1.72-1.79	0.904	1.3	9642	0.312	1.279	99.9
1.79-1.87	0.637	1.8	9700	0.469	0.901	100
1.87-1.97	0.435	2.5	9711	0.65	0.615	100
1.97-2.09	0.309	3.4	9676	0.78	0.437	99.9
2.09-2.25	0.217	4.6	9670	0.874	0.307	99.9
2.25-2.48	0.155	6.2	9722	0.931	0.219	100
2.48-2.84	0.11	8	9738	0.963	0.156	100
2.84-3.57	0.059	13.2	9747	0.99	0.083	100
3.57-69.93	0.027	21.8	9892	0.998	0.039	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RXD

6rxd

解像度: 1.66→69.87 Å / SU ML: 0.2629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.4488
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	4698	4.85 %
R_work	0.1801	92217	-
obs	0.1824	96915	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→69.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	16	859	7409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	6720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8755	9117
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0516	970
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	1208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6302	923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.68	0.3771	179	0.3364	3012	X-RAY DIFFRACTION	97.67
1.68-1.7	0.3452	138	0.3253	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.7-1.72	0.3651	150	0.3021	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.17
1.72-1.74	0.4188	140	0.3092	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.74-1.76	0.3903	159	0.2843	3097	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.76-1.79	0.3702	146	0.274	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.79-1.81	0.3292	160	0.2676	3093	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.81-1.84	0.3064	170	0.2514	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.84-1.87	0.2796	164	0.2205	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.87-1.9	0.3042	141	0.2152	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.9-1.93	0.2832	150	0.2072	3047	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.93-1.97	0.2798	136	0.2	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.97-2.01	0.2619	164	0.1953	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.01-2.05	0.2501	170	0.1974	3053	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.05-2.09	0.2578	164	0.1957	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.09-2.14	0.245	145	0.1711	3073	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.14-2.19	0.2041	155	0.1657	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.19-2.25	0.1993	161	0.1562	3072	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.25-2.32	0.216	166	0.156	3053	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.32-2.39	0.2124	149	0.1557	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.39-2.48	0.2215	139	0.1539	3072	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.48-2.58	0.2365	155	0.1509	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.58-2.7	0.186	171	0.1506	3068	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.7-2.84	0.213	126	0.1483	3116	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.84-3.02	0.1787	138	0.1526	3105	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.02-3.25	0.18	172	0.1482	3093	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.25-3.57	0.1661	154	0.147	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.57-4.09	0.161	194	0.1413	3080	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.09-5.16	0.1947	167	0.1549	3104	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.16-69.87	0.2119	175	0.1888	3163	X-RAY DIFFRACTION	99.76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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