+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zcv | ||||||
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Title | Rgg144 of Streptococcus pneumoniae | ||||||
Components | Transcriptional regulatorTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / quorum sensing protein / transcription regulator | ||||||
Function / homology | Transcription activator MutR, C-terminal / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Transcriptional regulator Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Wallis, R. / Girija, U.V. / Yesilkaya, H. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2022 Title: Structure-function analysis for the development of peptide inhibitors for a Gram-positive quorum sensing system. Authors: Abdullah, I.T. / Ulijasz, A.T. / Girija, U.V. / Tam, S. / Andrew, P. / Hiller, N.L. / Wallis, R. / Yesilkaya, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zcv.cif.gz | 252 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zcv.ent.gz | 207.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zcv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/7zcv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 33986.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) Gene: mutR, ERS021218_00146, ERS096071_01044, SAMEA3381574_00832, SAMEA3389353_01155 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0E7KI02 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, containing 200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate and PEG4K (18-26%) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Aug 9, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→32.51 Å / Num. obs: 52047 / % possible obs: 99.91 % / Redundancy: 6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.031 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5148 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.412 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→32.51 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.5 Å2 / Biso mean: 44.2349 Å2 / Biso min: 19.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→32.51 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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