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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z7m | |||||||||
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タイトル | REP-related Chom18 variant with double CC mismatch | |||||||||
要素 | Chom18-CC DNA | |||||||||
キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Mismatch / Non-canonical / Base pair (塩基対) / Double helix | |||||||||
機能・相同性 | STRONTIUM ION / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Cardiobacterium hominis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Svoboda, J. / Schneider, B. / Berdar, D. / Kolenko, P. | |||||||||
資金援助 | チェコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures. 著者: Svoboda, J. / Berdar, D. / Kolenko, P. / Cerny, J. / Novakova, Z. / Pavlicek, J. / Schneider, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z7m.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z7m.ent.gz | 11.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z7m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/7z7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/7z7m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7z7kC 7z7lC 7z7uC 7z7wC 7z7yC 7z7zC 7z81C 7z82C 6rosS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5479.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cardiobacterium hominis (バクテリア) |
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#2: 化合物 | ChemComp-SR / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Natrix crystallization screen (Hampton Research) precipitant 18-22% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol buffer 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate salt 0.04 M Magnezium chloride hexahydrate 0.08 M ...詳細: Natrix crystallization screen (Hampton Research) precipitant 18-22% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol buffer 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate salt 0.04 M Magnezium chloride hexahydrate 0.08 M Strontium chloride hexahydrate additive 0.012 M spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.3418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→28.72 Å / Num. obs: 2658 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 32.7 % / Biso Wilson estimate: 66.89 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 35.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 33.2 % / Rmerge(I) obs: 1.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 301 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.229 / Rrim(I) all: 1.334 / Χ2: 0.69 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ROS 解像度: 2.6→28.72 Å / SU ML: 0.4592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.5453 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å
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