PDB-7z3k: Autotaxin in complex with orthosteric site-binder CpdA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7z3k

タイトル

Autotaxin in complex with orthosteric site-binder CpdA

要素

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

ENPP2 /

lysophosphatidic acid (リゾホスファチジン酸) / lipid chaperone / / pulmonary fibrosis /

GPCR (Gタンパク質共役受容体) / drug development / small-molecule inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to polycyclic arene /

alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis /

lysophospholipase activity /

phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity /

alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Salgado-Polo, F. / Ford, P. / Heckmann, B. / Perrakis, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Autotaxin facilitates selective LPA receptor signaling.
著者: Salgado-Polo, F. / Borza, R. / Matsoukas, M.T. / Marsais, F. / Jagerschmidt, C. / Waeckel, L. / Moolenaar, W.H. / Ford, P. / Heckmann, B. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7z3k.cif.gz	604.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7z3k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7z3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/7z3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7z3lC 2xr9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2

ヘテロ分子

97.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.662, 62.530, 63.638
Angle α, β, γ (deg.)	104.159, 98.572, 93.153
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD 分子量: 92590.125 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

#1: タンパク質

Isoform 2 of Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD

分子量: 92590.125 Da / 分子数: 1 / 変異: N53A N410A N806A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / プラスミド: pcDNA5.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610,

alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 9種, 566分子

#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-5JK / 7alpha-hydroxycholesterol / (3beta,7alpha,9beta,14beta)-cholest-5-ene-3,7-diol / 7α-ヒドロキシコレステロ-ル / 7α-ヒドロキシコレステロール分子量: 402.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#11: 化合物	ChemComp-IA0 / [(2~{S},4~{R})-4-[2-[(3,5-dimethylphenyl)amino]-5,7-dihydropyrrolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl]-2-methyl-piperidin-1-yl]-(6-fluoranyl-1~{H}-benzotriazol-5-yl)methanone 分子量: 500.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉FN₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% PEG 3350, 0.1 to 0.4 M NaSCN, and 0.1 to 0.4 M NH4I.

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ATX was incubated with each screened compound at a 1:10 (protein:compound) ratio for at least 30 minutes. Crystals were grown for at least 7 days in a 24-well optimization screen: 18 to 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999995 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→43.68 Å / Num. obs: 52303 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.137 / R_rim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.94-43.68	3.3	0.04	584	0.996	0.04	0.056	99
2-2.05	3.1	0.798	3841	0.437	0.798	1.129	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
MolProbity		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xr9

2xr9

解像度: 2→43.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 12.667 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	2646	5.059 %
R_work	0.202	49655	-
all	0.204	-	-
obs	-	52301	97.999 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.415 Å²	1.245 Å²	1.265 Å²
2-	-	-1.99 Å²	-1.242 Å²
3-	-	-	0.588 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6391	0	199	527	7117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	6774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.663	9182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.084	1.587	14247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.853	5	792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.592	21.486	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.76	15	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.136	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.394	0.666	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.389	0.663	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.728	0.992	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.727	0.992	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.362	0.711	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.362	0.712	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.503	1.04	5226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.503	1.04	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.454	8.916	7760
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.386	8.347	7656

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.279	223	0.29	3617	X-RAY DIFFRACTION	96.8718
2.052-2.108	0.29	196	0.271	3549	X-RAY DIFFRACTION	97.3739
2.108-2.169	0.273	204	0.251	3421	X-RAY DIFFRACTION	96.8733
2.169-2.236	0.28	202	0.261	3326	X-RAY DIFFRACTION	96.8167
2.236-2.309	0.287	184	0.252	3237	X-RAY DIFFRACTION	98.0229
2.309-2.39	0.295	166	0.23	3140	X-RAY DIFFRACTION	97.695
2.39-2.48	0.256	167	0.238	3061	X-RAY DIFFRACTION	97.4638
2.48-2.581	0.258	135	0.229	2967	X-RAY DIFFRACTION	97.8549
2.581-2.696	0.277	131	0.215	2851	X-RAY DIFFRACTION	97.9632
2.696-2.827	0.242	137	0.191	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.1443
2.827-2.979	0.212	137	0.192	2579	X-RAY DIFFRACTION	98.4415
2.979-3.16	0.286	108	0.193	2437	X-RAY DIFFRACTION	98.5288
3.16-3.377	0.212	129	0.17	2297	X-RAY DIFFRACTION	98.9396
3.377-3.647	0.194	113	0.16	2138	X-RAY DIFFRACTION	99.1193
3.647-3.994	0.184	91	0.158	1977	X-RAY DIFFRACTION	99.0896
3.994-4.463	0.197	99	0.149	1796	X-RAY DIFFRACTION	98.5952
4.463-5.148	0.221	60	0.16	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.6372
5.148-6.294	0.24	64	0.202	1349	X-RAY DIFFRACTION	99.507
6.294-8.854	0.245	66	0.21	1036	X-RAY DIFFRACTION	99.6383
8.854-43.68	0.255	34	0.214	570	X-RAY DIFFRACTION	99.179

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.0101 Å / Origin y: -0.0737 Å / Origin z: 0.1439 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0402 Å²	-0.0883 Å²	-0.0624 Å²	-	0.2116 Å²	0.144 Å²	-	-	0.1008 Å²
L	0.9619 °²	0.2184 °²	0.5765 °²	-	0.9092 °²	0.4908 °²	-	-	1.4673 °²
S	-0.0158 Å °	0.0288 Å °	-0.0112 Å °	0.0364 Å °	0.0206 Å °	-0.0299 Å °	0.0192 Å °	0.0667 Å °	-0.0048 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	56 - 860
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	901
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AbA	945
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AcA	938
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AdA	904
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AeA	905
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AfA	906
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AgA	907
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AhA	908
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AiA	909
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AjA	910
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AkA	911
13	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AlA	913
14	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AmA	915
15	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AnA	916
16	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AoA	918
17	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ApA	919
18	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AqA	922
19	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ArA	923
20	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AsA	925
21	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AtA	928
22	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AuA	929
23	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AvA	930
24	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AwA	931
25	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AxA	932
26	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AyA	933
27	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AzA	934
28	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ABA	935
29	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ACA	936
30	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	ADA	937
31	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AEA	939
32	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AFA	941
33	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AGA	943
34	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AHA	944

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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