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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z10 | ||||||
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タイトル | Monomeric respiratory complex IV isolated from S. cerevisiae | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytochrome C Oxidase (シトクロムcオキシダーゼ) / Mitochondria Respiratory Chain / Complex IV (シトクロムcオキシダーゼ) / Oxidoreductace-electron transport complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport ...mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial respiratory chain complex IV / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 細胞呼吸 / proton transmembrane transport / ミトコンドリア / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / ミトコンドリア / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å | ||||||
データ登録者 | Marechal, A. / Hartley, A. / Ing, G. / Pinotsis, N. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of a monomeric yeast S. cerevisiae complex IV isolated with maltosides: Implications in supercomplex formation. 著者: Gabriel Ing / Andrew M Hartley / Nikos Pinotsis / Amandine Maréchal / 要旨: In mitochondria, complex IV (CIV) can be found as a monomer, a dimer or in association with other respiratory complexes. The atomic structure of the yeast S. cerevisiae CIV in a supercomplex (SC) ...In mitochondria, complex IV (CIV) can be found as a monomer, a dimer or in association with other respiratory complexes. The atomic structure of the yeast S. cerevisiae CIV in a supercomplex (SC) with complex III (CIII) pointed to a region of significant conformational changes compared to the homologous mammalian CIV structures. These changes involved the matrix side domain of Cox5A at the CIII-CIV interface, and it was suggested that it could be required for SC formation. To investigate this, we solved the structure of the isolated monomeric CIV from S. cerevisiae stabilised in amphipol A8-35 at 3.9 Å using cryo-electron microscopy. Only a minor change in flexibility was seen in this Cox5A region, ruling out large CIV conformational shift for interaction with CIII and confirming the different fold of the yeast Cox5A subunit compared to mammalian homologues. Other differences in structure were the absence of two canonical subunits, Cox12 and Cox13, as well as Cox26, which is unique to the yeast CIV. Their absence is most likely due to the protein purification protocol used to isolate CIV from the III-IV SC. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z10.cif.gz | 290.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z10.ent.gz | 232.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z10.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/7z10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/7z10 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 10672 14436MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT ... , 7種, 7分子 abcdfgi
#1: タンパク質 | 分子量: 58832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00401, シトクロムcオキシダーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 26779.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COX2, OXI1, Q0250 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00410, シトクロムcオキシダーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 30383.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00420, シトクロムcオキシダーゼ |
#4: タンパク質 | 分子量: 13044.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COX4, YGL187C, G1362 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04037 |
#6: タンパク質 | 分子量: 12230.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COX6, YHR051W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00427 |
#7: タンパク質 | 分子量: 6811.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10174, シトクロムcオキシダーゼ |
#9: タンパク質 | 分子量: 6471.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07255, シトクロムcオキシダーゼ |
-Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 2種, 2分子 eh
#5: タンパク質 | 分子量: 14891.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COX5A, YNL052W, N2474, YNL2474W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00424, シトクロムcオキシダーゼ |
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#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5375.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: COX8, YLR395C, L8084.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04039, シトクロムcオキシダーゼ |
-非ポリマー , 6種, 9分子
#10: 化合物 | ChemComp-CU / | ||||||||
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#11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-MG / | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CUA / | #15: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: 3 microliters of sample applied to negatively glow discharged grig. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 558378 詳細: Manual picking of 970 particles followed 2D classification, selection of best classes (271 particles) and autopicking by CryoSPARC template picker. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72409 / 詳細: CyroSPARC non-uniform refinement was performed / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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