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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yr9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the immature form of TtPetA | ||||||
要素 | Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Rieske / iron-sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター) / metal binding (金属) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Tsutsumi, E. / Niwa, S. / Takeda, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023 タイトル: Structure of a putative immature form of a Rieske-type iron-sulfur protein in complex with zinc chloride. 著者: Tsutsumi, E. / Niwa, S. / Takeda, R. / Sakamoto, N. / Okatsu, K. / Fukai, S. / Ago, H. / Nagao, S. / Sekiguchi, H. / Takeda, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yr9.cif.gz | 76.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yr9.ent.gz | 53.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yr9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7yraC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 16449.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 遺伝子: petA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MZ11, quinol-cytochrome-c reductase |
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-非ポリマー , 5種, 159分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M AmS, 20% glycerol, 0.1 M Na-Ac pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 15 K / Ambient temp details: He cryostream / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.2825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2825 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 34104 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 7.09 % / Biso Wilson estimate: 21.741 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 15.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 33923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2885
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溶媒の処理 | Bsol: 57.4944 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75 Å2 / Biso mean: 15.9042 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å /
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Xplor file |
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