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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yqb | ||||||
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タイトル | Functional and Structural Characterization of Norovirus GII.6 in Recognizing Histo-blood Group Antigens | ||||||
要素 | VP1 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / proein | ||||||
機能・相同性 | Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / VP1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Norovirus GII (ノロウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.704 Å | ||||||
データ登録者 | Cong, X. / Duan, Z.J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Virol Sin / 年: 2023 タイトル: Functional and structural characterization of Norovirus GII.6 in recognizing histo-blood group antigens. 著者: Cong, X. / Li, H.B. / Sun, X.M. / Qi, J.X. / Zhang, Q. / Duan, Z.J. / Xu, Y. / Liu, W.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yqb.cif.gz | 252.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yqb.ent.gz | 202.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/7yqb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7yqgC 4rlzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34835.855 Da / 分子数: 2 / 変異: Q304P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GII (ノロウイルス) / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U9GLY1 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH4.6, 20% (vol/vol) 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 71255 / % possible obs: 92.72 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 24.843 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 66173 / CC1/2: 0.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4RLZ 解像度: 1.704→47.389 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.7 Å2 / Biso mean: 18.8428 Å2 / Biso min: 4.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.704→47.389 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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