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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yot | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RNA polymerase in complex with P protein tetramer of Newcastle disease virus | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / L-P complex / Newcastle disease virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Avian orthoavulavirus 1 (ニューカッスル病) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Jingyuan, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of the Newcastle Disease Virus L protein in complex with tetrameric phosphoprotein. 著者: Jingyuan Cong / Xiaoying Feng / Huiling Kang / Wangjun Fu / Lei Wang / Chenlong Wang / Xuemei Li / Yutao Chen / Zihe Rao / 要旨: Newcastle disease virus (NDV) belongs to Paramyxoviridae, which contains lethal human and animal pathogens. NDV RNA genome is replicated and transcribed by a multifunctional 250 kDa RNA-dependent ...Newcastle disease virus (NDV) belongs to Paramyxoviridae, which contains lethal human and animal pathogens. NDV RNA genome is replicated and transcribed by a multifunctional 250 kDa RNA-dependent RNA polymerase (L protein). To date, high-resolution structure of NDV L protein complexed with P protein remains to be elucidated, limiting our understanding of the molecular mechanisms of Paramyxoviridae replication/transcription. Here, we used cryo-EM and enzymatic assays to investigate the structure-function relationship of L-P complex. We found that C-terminal of CD-MTase-CTD module of the atomic-resolution L-P complex conformationally rearranges, and the priming/intrusion loops are likely in RNA elongation conformations different from previous structures. The P protein adopts a unique tetrameric organization and interacts with L protein. Our findings indicate that NDV L-P complex represents elongation state distinct from previous structures. Our work greatly advances the understanding of Paramyxoviridae RNA synthesis, revealing how initiation/elongation alternates, providing clues for identifying therapeutic targets against Paramyxoviridae. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yot.cif.gz | 315.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yot.ent.gz | 230.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yot | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33986MC 7youC 7yovC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41738.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Avian orthoavulavirus 1 (ニューカッスル病) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0S2UXI9 #2: タンパク質 | | 分子量: 249183.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Avian orthoavulavirus 1 (ニューカッスル病) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0S2UX53, RNA依存性RNAポリメラーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, 転移酵素; ...参照: UniProt: A0A0S2UX53, RNA依存性RNAポリメラーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NDV L-P complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Avian orthoavulavirus 1 (ニューカッスル病) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 455000 / 対称性のタイプ: POINT |