[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7yo8: Crystal structure of fission yeast Hfl1 LIR fused to human GABARAPL2 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yo8 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of fission yeast Hfl1 LIR fused to human GABARAPL2 | |||||||||||||||
Components | Transmembrane protein 184 homolog C30D11.06c,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 2Transmembrane protein | |||||||||||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Autophagy / Vacuole / Autophagosome | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / intra-Golgi vesicle-mediated transport / GABA receptor binding / vacuole organization / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / fungal-type vacuole membrane / positive regulation of ATP-dependent activity / TBC/RABGAPs ...negative regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to endoplasmic reticulum / intra-Golgi vesicle-mediated transport / GABA receptor binding / vacuole organization / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / fungal-type vacuole membrane / positive regulation of ATP-dependent activity / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / transmembrane transporter activity / autophagosome / SNARE binding / transmembrane transport / autophagy / protein transport / ATPase binding / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / Golgi membrane / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.805 Å | |||||||||||||||
Authors | Yamasaki, A. / Noda, N.N. | |||||||||||||||
Funding support | Japan, 4items
| |||||||||||||||
Citation | Journal: Autophagy / Year: 2023 Title: Development of new tools to study membrane-anchored mammalian Atg8 proteins. Authors: Park, S.W. / Jeon, P. / Yamasaki, A. / Lee, H.E. / Choi, H. / Mun, J.Y. / Jun, Y.W. / Park, J.H. / Lee, S.H. / Lee, S.K. / Lee, Y.K. / Song, H.K. / Lazarou, M. / Cho, D.H. / Komatsu, M. / ...Authors: Park, S.W. / Jeon, P. / Yamasaki, A. / Lee, H.E. / Choi, H. / Mun, J.Y. / Jun, Y.W. / Park, J.H. / Lee, S.H. / Lee, S.K. / Lee, Y.K. / Song, H.K. / Lazarou, M. / Cho, D.H. / Komatsu, M. / Noda, N.N. / Jang, D.J. / Lee, J.A. | |||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7yo8.cif.gz | 90.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7yo8.ent.gz | 56.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7yo8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/7yo8 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7yo9C 4co7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 17252.773 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F28S V29T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe (fission yeast), (gene. exp.) Homo sapiens (human) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: SPAC30D11.06c, GABARAPL2, FLC3A, GEF2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q09906, UniProt: P60520 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 / Details: 8% PEG 3000, 0.1 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.805→43.91 Å / Num. obs: 15809 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 26.42 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1542 / Rpim(I) all: 0.04473 / Rrim(I) all: 0.1607 / Net I/σ(I): 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4CO7 Resolution: 1.805→43.91 Å / SU ML: 0.174 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 19.6936 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.805→43.91 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|