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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ykc
タイトルcrystal structure of the Phenylalanine-regulated 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (ARO3) from Saccharomyces cerevisiae
要素3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / DAHP synthase / ARO3
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DAHP synthase, class 1 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, phenylalanine-inhibited
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu, H. / Luo, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903300 中国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Mechanistic investigation of a D to N mutation in DAHP synthase that dictates carbon flux into the shikimate pathway in yeast.
著者: Liu, H. / Xiao, Q. / Wu, X. / Ma, H. / Li, J. / Guo, X. / Liu, Z. / Zhang, Y. / Luo, Y.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2602
ポリマ－82,2602
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.680, 95.561, 105.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 41129.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARO3, YDR035W, YD9673.07 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
参照: UniProt: P14843, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M BICINE pH 9.0, 20% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→105.79 Å / Num. obs: 11363 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 128.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 79559
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.567.31.5031660422760.6230.5871.6171.395.9
8.73-105.795.90.05542217110.9960.0240.0627.998.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
Blu-Iceデータ収集
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 3.3→34.37 Å / SU ML: 0.75 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 1130 9.98 %
Rwork0.252 --
obs0.2562 11322 96.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5759 0 0 0 5759
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.767866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1322256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0131034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.450.49391300.39851185X-RAY DIFFRACTION93
3.45-3.630.41311430.36311289X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.860.3891300.34581165X-RAY DIFFRACTION89
3.86-4.160.33591310.34021191X-RAY DIFFRACTION91
4.16-4.570.33171460.28161304X-RAY DIFFRACTION100
4.57-5.230.2381460.25831318X-RAY DIFFRACTION100
5.24-6.590.30561480.26981335X-RAY DIFFRACTION100
6.59-34.370.24761560.17891402X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.935-0.3992-1.67895.84620.7633.8043-0.47380.06180.1474-0.2336-0.36070.4731-1.89960.66340.82091.2382-0.2947-0.380.7820.29980.9287-30.1041-32.825-2.8153
21.6675-0.2042-2.31586.0307-5.49538.138-0.4894-0.41260.9320.62360.16910.9206-2.5606-0.8361-0.06561.30380.0951-0.44020.94120.00791.6541-41.6393-24.8568-3.5299
35.05751.05061.65245.9276-0.18945.5627-0.6737-0.09451.2754-1.0051-0.53520.8035-3.56280.72120.81242.8262-0.3571-0.81270.90590.32161.4596-32.1487-17.3842-8.5315
45.3887-0.65960.93654.8005-0.47985.4488-0.80342.2041-0.7095-0.8292-0.0532-0.1935-1.11221.3661.01651.1516-0.23180.01981.44410.06471.022-18.6247-38.0934-16.0567
52.99791.46330.41225.88632.14641.6919-0.00590.31180.99010.9489-0.5328-2.6566-0.44592.46260.26911.3284-0.5635-0.51662.70750.24761.9759-2.1602-29.602811.8897
64.65240.42721.87726.63852.85243.0916-0.1676-0.67581.68910.0835-0.3881-0.7135-1.56590.80440.57181.6699-0.8639-0.34021.83140.19411.4788-14.96-16.50915.1588
71.2895-2.09090.51181.9488-0.17261.42771.83850.2728-0.2024-0.1265-1.0688-1.7293-1.41481.920.00351.7924-1.0745-0.38813.17780.16743.0074.0133-15.215114.5564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 127 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 128 through 370 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 27 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 170 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 171 through 303 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 304 through 370 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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