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- PDB-7yew: Structure of MmIGF2BP3 in complex with 7-mer RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yew
タイトルStructure of MmIGF2BP3 in complex with 7-mer RNA
要素
  • Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
  • RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / IGF2BP3 / IGF2BP / IMP3 / RNA binding (リボ核酸) / m6A modification / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / nervous system development / 遺伝子発現の調節 ...CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / nervous system development / 遺伝子発現の調節 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / KHドメイン ...KHドメイン / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, X.J. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of MmIGF2BP3 in complex with 7-mer RNA
著者: Li, X.J. / Wu, B.X.
履歴
登録2022年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
B: RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')
C: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
D: RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3924
ポリマ－40,3924
非ポリマー00
水77543
1
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
B: RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1962
ポリマ－20,1962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
D: RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1962
ポリマ－20,1962
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.890, 73.716, 57.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.796, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 19 or resid 21 through 159))
d_2ens_1(chain "C" and (resid 0 through 19 or resid 21 through 159))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERGLUGLUAA0 - 191 - 20
d_12ens_1VALVALALAALAAA21 - 15922 - 160
d_21ens_1SERSERGLUGLUCC0 - 191 - 20
d_22ens_1VALVALALAALACC21 - 15922 - 160
d_11ens_2AACCBB1 - 42 - 5
d_21ens_2AACCDD1 - 42 - 5

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.450878705728, 0.00147247366442, 0.892584015397), (0.00163759382556, -0.999995591667, 0.00247687984515), (0.89258372773, 0.00257846245123, 0.45087430679)-16.7631968756, 24.7734969464, -28.1065211888
2given(-0.38766228214, -0.0146519866947, 0.921685019023), (0.055465319135, -0.998432769409, 0.00745676494762), (0.920131269645, 0.0540122602391, 0.38786740307)-16.4170433664, 24.7712301866, -28.6080295675

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 / IGF2 mRNA-binding protein 3 / IMP-3 / mIMP-3 / IGF-II mRNA-binding protein 3 / VICKZ family member 3


分子量: 18032.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igf2bp3, Vickz3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CPN8
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 2163.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 12566 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37.31 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 13.69
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.872 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1264 / CC1/2: 0.676 / CC star: 0.898 / Rpim(I) all: 0.395 / Rrim(I) all: 0.96 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FQR

6fqr


解像度: 2.5→28.49 Å / SU ML: 0.3963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.6253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 570 4.72 %
Rwork0.1949 11505 -
obs0.1978 12075 92.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2506 168 0 43 2717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00892751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13133765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5627430
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.957943334736
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.522572746673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.750.38221300.26222543X-RAY DIFFRACTION82.4
2.75-3.150.33631270.24332955X-RAY DIFFRACTION95.36
3.15-3.970.28261400.19252981X-RAY DIFFRACTION95.97
3.97-28.490.19051730.16043026X-RAY DIFFRACTION96.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.87179984044 Å / Origin y: 12.5054221938 Å / Origin z: -13.0971280511 Å
111213212223313233
T0.240526851049 Å2-0.0420902937251 Å20.00043058436312 Å2-0.23354256024 Å20.00959690830567 Å2--0.280615271333 Å2
L0.110677299458 °2-0.301853385884 °2-0.0813145004196 °2-0.368101649642 °2-0.0809197934294 °2--0.497546689935 °2
S-0.0240237884281 Å °0.0121114879463 Å °0.0509681938732 Å °-0.0216339040781 Å °-0.0297793041853 Å °-0.0830090027185 Å °-0.00916316079408 Å °-0.00742380792109 Å °0.0519657270536 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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