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Yorodumi- PDB-7ydl: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268I/A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ydl | ||||||
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Title | Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268I/A184V/A82T in complex with N-imidazolyl-hexanoyl-L-phenylalanine | ||||||
Components | Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / P450 BM3 heme domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A/T268I/A184V/A82T in complex with N-imidazolyl-hexanoyl-L-phenylalanine Authors: Dong, S. / Chen, J. / Jiang, Y. / Cong, Z. / Feng, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ydl.cif.gz | 400.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ydl.ent.gz | 322.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ydl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/7ydl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1fagS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53554.086 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A82T,F87A,A184V,T268I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (bacteria) Strain: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19 Gene: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M magnesium formate dihydrate, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 15% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.58→37.92 Å / Num. obs: 270943 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1fag Resolution: 1.58→37.01 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.12 Å2 / Biso mean: 31.882 Å2 / Biso min: 15.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.58→37.01 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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