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- PDB-7yb2: Crystal Structure of anthrol reductase (CbAR) in complex with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yb2
タイトルCrystal Structure of anthrol reductase (CbAR) in complex with NADP+ and emodin
要素Versicolorin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / anthrol reductase / chiral alcohol / emodin (エモジン)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Versicolorin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cercospora sp. JNU001 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hou, X.D. / Rao, Y.J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Other private2021YFC2102700 中国
Other privateBK20202002 中国
Other privateKYCX20_1812 中国
Other privateKYCX20_1816 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural analysis of an anthrol reductase inspires enantioselective synthesis of enantiopure hydroxycycloketones and beta-halohydrins.
著者: Hou, X. / Xu, H. / Yuan, Z. / Deng, Z. / Fu, K. / Gao, Y. / Liu, C. / Zhang, Y. / Rao, Y.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Versicolorin reductase
B: Versicolorin reductase
C: Versicolorin reductase
D: Versicolorin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,88716
ポリマ－120,4644
非ポリマー4,42312
水10,251569
1
B: Versicolorin reductase
C: Versicolorin reductase
D: Versicolorin reductase
ヘテロ分子

A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,88716
ポリマ－120,4644
非ポリマー4,42312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-x,-y+1/2,z-1/21
Buried area14250 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.797, 123.362, 126.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Versicolorin reductase


分子量: 30115.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cercospora sp. JNU001 (菌類) / 遺伝子: CB0940_02504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G5I2X5
#2: 化合物
ChemComp-EMO / 3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / EMODIN / エモジン / エモジン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 15% isopropanol and 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 89048 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Χ2: 0.023 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 1074411
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.887.10.56939680.865190.3
1.88-1.927.90.48541780.863194.3
1.92-1.958.90.43343560.895197.8
1.95-1.9910.60.37244050.918199.8
1.99-2.0412.60.32544750.951199.9
2.04-2.0813.20.27644281.0121100
2.08-2.1413.10.22944731.021100
2.14-2.1912.90.20244491.0441100
2.19-2.2612.70.1844231.0541100
2.26-2.33120.15744951.0591100
2.33-2.41130.13644351.0761100
2.41-2.5113.30.12544781.049199.9
2.51-2.6313.10.1144701.0171100
2.63-2.7612.60.09344791.0011100
2.76-2.9412.40.0845150.9641100
2.94-3.1613.50.07145050.9281100
3.16-3.4813.20.06345300.931100
3.48-3.9912.80.05845630.9331100
3.99-5.0213.40.05446070.9021100
5.02-5012.10.04748160.661100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IS3

3is3


解像度: 1.85→45.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.495 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18763 4568 5.2 %RANDOM
Rwork0.15096 ---
obs0.15285 84089 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7907 0 296 569 8772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0138392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.68511412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4811.59917638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.00551043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.4422.072415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.889151301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1191552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8251.9194181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8251.9184180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6342.8655221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6332.8665222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7092.2814211
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7082.2824212
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0533.3096192
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.38223.9879921
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.38223.999922
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.894 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 334 -
Rwork0.195 5149 -
obs--82.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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