[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7y55: Crystal structure of a glutathione S-transferase Tau1 from Pinus ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7y55 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a glutathione S-transferase Tau1 from Pinus densata in complex with GSH | ||||||
Components | PdGSTU1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glutathione S-transferase / Tau calss / GSH | ||||||
Function / homology | GLUTATHIONE Function and homology information | ||||||
Biological species | Pinus densata (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19113061058 Å | ||||||
Authors | Qu, C. / Zeng, Q.Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J Syst Evol / Year: 2023 Title: Functional significance of asymmetrical retention of parental alleles in a hybrid pine species complex Authors: Qu, C. / Kao, H.N. / Xu, H. / Wang, B.S. / Yang, Z.L. / Yang, Q. / Liu, G.F. / Wang, X.R. / Liu, Y.J. / Zeng, Q.Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7y55.cif.gz | 429.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7y55.ent.gz | 287.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7y55.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y55 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4topS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 4 - 224 / Label seq-ID: 13 - 233
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27500.732 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: gene: PdSTU1 / Source: (gene. exp.) Pinus densata (plant) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: glutathione transferase #2: Chemical | ChemComp-GSH / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.04 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1 M MES monohydrate pH 5.5, 25% v/v Polyethylene glycol 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.19→50 Å / Num. obs: 49207 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 37.8201064726 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 2.36 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 275021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4TOP Resolution: 2.19113061058→38.4344061754 Å / SU ML: 0.281497880785 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.34655140362 / Phase error: 39.1856010711
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.5783773664 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19113061058→38.4344061754 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|