PDB-7xvx: Neutron crystal structure of human macrophage migration inhibitor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xvx

タイトル

Neutron crystal structure of human macrophage migration inhibitory factor

要素

Macrophage migration inhibitory factor

キーワード

CYTOKINE (サイトカイン) /

macrophage migration inhibitory factor / tautomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response /

フェニルピルビン酸タウトメラーゼ /

L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity /

phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway /

cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response /

フェニルピルビン酸タウトメラーゼ /

L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity /

phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway /

cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process /

regulation of macrophage activation / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator /

chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration /

cytokine activity / positive regulation of cytokine production / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of fibroblast proliferation /

細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen /

protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade /

炎症 / negative regulation of gene expression /

自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process /

細胞膜 /

extracellular space / extracellular exosome / extracellular region /

核質 / identical protein binding /

細胞膜 /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ezawa, T. / Tamada, T. / Odaka, M. / Matsumura, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Neutron crystal structure of human macrophage migration inhibitory factor
著者: Ezawa, T. / Nakagaki, T. / Sugishima, K. / Ishida, T. / Hirano, Y. / Kusaka, K. / Tamada, T. / Odaka, M. / Wakui, H. / Matsumura, H.

履歴

登録	2022年5月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xvx.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xvx.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xtxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrophage migration inhibitory factor

B: Macrophage migration inhibitory factor

C: Macrophage migration inhibitory factor

37.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.534, 96.534, 105.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Macrophage migration inhibitory factor / / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase 分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ, L-ドパクロムイソメラーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Macrophage migration inhibitory factor /

/ MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...

分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174,

フェニルピルビン酸タウトメラーゼ,

L-ドパクロムイソメラーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.49 M Monosodium phosphate, 0.91 M Dipotassium phosphate

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	293	1	N
2	293	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	1	3.05-5.47
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
iBIX	1	DIFFRACTOMETER	2020年6月24日	The used detector is described in the paper (https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1742-6596/528/1/012042/pdf).
DECTRIS PILATUS3 6M	2	PIXEL	2020年10月25日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	LAUE	L	neutron	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	3.05	1
2	5.47	1
3	1	1

反射

Entry-ID: 7XVX

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	B_iso Wilson estimate (Å²)	CC_1/2	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.6-48.27	75394	99.9	10	20.95	0.996	2	14.7
2-20	38853	99.4	6.6		0.984	1	7.9

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
1.6-1.63	3674	0.923	2
2-2.11	5589	0.431	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

SU ML: 0.1459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 16.1419 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 7XTX

7xtx

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)	詳細
1.6-44.64	X-RAY DIFFRACTION	29.16	0.1692	0.1539	0.1547	3993	71329	75322	5.3	100	2	1.93	STARGazer used for data reduction is described in the paper (https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S016890020801704X).
2-20	NEUTRON DIFFRACTION		0.2	0.18				38853		99.4	1

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2579	0	0	215	2794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.041	6051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5558	10607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	1142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.1828	1582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.2157	143	0.213	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.64	0.21	141	0.1995	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.205	139	0.2018	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.2477	141	0.215	2440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.2584	143	0.2217	2437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2756	144	0.2156	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.75	0.2093	140	0.2127	2419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2389	140	0.2079	2455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2016	140	0.1907	2433	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2041	136	0.1873	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.2005	142	0.178	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.1703	142	0.1686	2423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.1927	141	0.1686	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.1822	141	0.1666	2443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.04	0.1737	135	0.1625	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.09	0.1692	132	0.158	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.15	0.1462	132	0.1524	2464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.21	0.1732	133	0.1561	2445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.1957	137	0.157	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.36	0.1637	135	0.157	2466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.46	0.1776	136	0.1542	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.57	0.1758	131	0.1646	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.7	0.1806	132	0.1568	2464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.87	0.1791	134	0.1509	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.1	0.1708	133	0.1543	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.41	0.1359	133	0.1496	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.9	0.1565	136	0.1299	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.91	0.1217	139	0.1093	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-44.64	0.1655	142	0.1528	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.89

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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