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- PDB-7xs0: Trimer structure of HtrA from Helicobacter pylori bound with a tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xs0
タイトルTrimer structure of HtrA from Helicobacter pylori bound with a tripeptide
要素
  • Periplasmic serine endoprotease DegP-like
  • UNK-UNK-UNK
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / serine protease (セリンプロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / ペリプラズム / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50 / Peptidase family M50 / Peptidase S1C, Do / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic serine endoprotease DegP-like
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Cui, L. / Liu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures and solution conformations of HtrA from Helicobacter pylori reveal pH-dependent oligomeric conversion and conformational rearrangements.
著者: Cui, L. / Shi, X. / Li, H. / Wang, S. / Guo, L. / Lan, Z. / Dai, Y. / Zhang, Q. / Wu, Y. / Liu, W.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic serine endoprotease DegP-like
B: UNK-UNK-UNK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1272
ポリマ－48,1272
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Periplasmic serine endoprotease DegP-like
B: UNK-UNK-UNK

A: Periplasmic serine endoprotease DegP-like
B: UNK-UNK-UNK

A: Periplasmic serine endoprotease DegP-like
B: UNK-UNK-UNK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,3826
ポリマ－144,3826
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.506, 139.506, 191.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-563-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic serine endoprotease DegP-like


分子量: 47854.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_1019 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O25663, peptidase Do
#2: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK


分子量: 273.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 2.2 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 22542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / Biso Wilson estimate: 37.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6618.41.63414600.8480.3831.6790.991100
2.66-2.7318.41.19915000.9150.281.2321.01100
2.73-2.818.40.91514860.9370.2140.940.994100
2.8-2.8818.10.62614600.9710.1480.6440.993100
2.88-2.9817.80.43715000.9860.1050.451.009100
2.98-3.0817.10.29214890.9910.0720.3011.057100
3.08-3.2116.60.19115110.9940.0480.1971.063100
3.21-3.3518.50.14314810.9970.0340.1471.07100
3.35-3.5318.30.09814880.9980.0230.11.086100
3.53-3.7518.10.07814990.9980.0190.081.028100
3.75-4.0417.20.06115150.9990.0150.0631.001100
4.04-4.4517.50.05114990.9980.0130.0520.96100
4.45-5.0918.20.04615320.9990.0110.0480.9199.9
5.09-6.4116.70.04415350.9990.0110.0450.764100
6.41-5016.80.0415870.9970.010.0410.682100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XS2

7xs2


解像度: 2.59→41.21 Å / SU ML: 0.3058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.7718
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 1125 5.12 %
Rwork0.2308 20845 -
obs0.2322 21970 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→41.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2874 0 0 65 2939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00462901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88433909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6229392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.70.32061130.27432089X-RAY DIFFRACTION78.61
2.7-2.850.29521350.26512610X-RAY DIFFRACTION98.46
2.85-3.020.23351350.23952675X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.260.2951460.23772628X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.580.23191470.21872681X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.10.22661450.22012683X-RAY DIFFRACTION99.89
4.1-5.170.24611450.20262709X-RAY DIFFRACTION99.96
5.17-41.210.27861590.2492770X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.934053920740.562211904852-0.2849996600372.98627013837-0.03077254397611.662930730710.131666502338-0.0258866745050.66968290661-0.147169415318-0.1037001111260.607273196056-0.34729887926-0.0917802337947-0.01842738966150.1908197858310.0271586085039-0.03859766017010.199761459291-0.03316369438450.36351923574-16.30994626779.87774689931-35.707520428
22.251339158590.727831723609-0.5674416130031.424859719490.447787575461.36486926189-0.0131082717635-0.869055352150.7572902622940.550855973840.07229002283310.1060446768280.2578983496590.06863943925890.01616082803370.1727219737310.0434691445778-0.09967468265670.56848043347-0.1862889162170.394379482639-35.630898619-9.67191363168-22.4867118188
30.425534113522-0.2287799623230.08971072193430.2821626497820.5693954519330.9913157199540.12030586838-0.592744614592-0.0417316317577-0.1530687089660.399657935164-0.574079074191-0.6374691443661.295920746140.1016303918560.897505303791-0.6098447044930.2533733262092.16969132567-0.505006687120.311121763859-29.54942457859.82469952561-6.22592992088
40.1621764416650.2856389528690.2083968222740.6804687536640.2233921941490.384097780742-0.268831601871-0.6131486773920.3642173428560.790634156049-0.0194252357428-0.693903057233-0.1497113523780.6965462267930.2385086550450.41727419201-0.00406299615458-0.08927748052741.11850023265-0.227128691580.496420710845-33.4229439651-6.6777976249-16.8511174555
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -5 through 250 )AA-5 - 2501 - 174
22chain 'A' and (resid 251 through 351 )AA251 - 351175 - 271
33chain 'A' and (resid 352 through 474 )AA352 - 474272 - 376
44chain 'B' and (resid 1 through 3 )BB1 - 31 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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