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- PDB-7xdm: ChCODH2 A559W mutant in anaerobic condition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xdm
タイトルChCODH2 A559W mutant in anaerobic condition
要素Carbon monoxide dehydrogenase 2一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Carbon monoxide dehydrogenase (一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体)) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(5) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Heo, Y.Y. / Kim, S.M.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2015M3D3A1A01064919 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A5A1019631 韓国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: O2-tolerant CO dehydrogenase via tunnel redesign for the removal of CO from industrial flue gas
著者: Kim, S.M. / Lee, J.H. / Kang, S.H. / Heo, Y.Y. / Yoon, H.J. / Hahn, J.S. / Lee, H.H. / Kim, Y.H.
履歴
登録2022年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2774
ポリマ－69,3071
非ポリマー9703
水7,512417
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子

A: Carbon monoxide dehydrogenase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5548
ポリマ－138,6142
非ポリマー1,9406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area37620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.483, 75.803, 71.384
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1120-

HOH

21A-1217-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase 2 / 一酸化炭素デヒドロゲナーゼ (受容体) / CODH 2


分子量: 69307.023 Da / 分子数: 1 / 変異: A559W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: cooS2, cooSII, CHY_0085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-NFS / FE(4)-NI(1)-S(5) CLUSTER


分子量: 442.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 200 mM MgCl2, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 56045 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.595 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 384668
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.74-1.776.60.58827810.8840.2430.6370.50898.4
1.77-1.86.50.50827740.9130.2130.5520.47598.2
1.8-1.846.30.43827330.9270.1870.4770.46196.9
1.84-1.877.10.38228390.9510.1530.4120.50499.3
1.87-1.927.10.30927980.9650.1240.3330.52599.4
1.92-1.967.10.27827910.9710.1120.30.52198.6
1.96-2.0170.23528130.9780.0950.2540.5499
2.01-2.066.90.21527750.980.0870.2330.56298.5
2.06-2.126.80.17328180.9860.0710.1870.56998.5
2.12-2.196.30.14727550.9870.0630.1610.58196.7
2.19-2.277.10.12327900.9940.0490.1330.58498.9
2.27-2.367.10.11128340.9940.0440.1190.62399.2
2.36-2.477.10.09928170.9940.040.1070.65399
2.47-2.67.10.08528040.9960.0340.0910.62698.2
2.6-2.766.80.07527690.9960.0310.0810.66598
2.76-2.986.80.06627800.9970.0270.0710.67797.5
2.98-3.277.20.05528570.9980.0220.0590.68399.5
3.27-3.7570.04828350.9980.0190.0510.798.5
3.75-4.726.70.0427900.9990.0160.0430.67897.5
4.72-506.80.0428920.9990.0160.0440.73698.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SU7

1su7


解像度: 1.74→40.83 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1915 2843 5.08 %
Rwork0.1644 53140 -
obs0.1658 55983 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.25 Å2 / Biso mean: 27.6013 Å2 / Biso min: 11.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4662 0 22 417 5101
Biso mean--26.41 35.24 -
残基数----633
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.74-1.770.28611410.23062451259292
1.77-1.80.24641390.21792662280198
1.8-1.830.21761310.20762617274897
1.83-1.870.23581570.20322678283599
1.87-1.910.22111420.19062664280699
1.91-1.960.2141440.1852661280599
1.96-20.21661370.17532684282199
2-2.060.25961310.18012651278299
2.06-2.120.20581490.16942672282198
2.12-2.190.21271400.1642622276297
2.19-2.270.20371500.15492661281199
2.27-2.360.17141560.15912668282499
2.36-2.460.1711530.15152674282799
2.46-2.590.17891350.15452683281898
2.59-2.760.19921340.1592650278498
2.76-2.970.17011410.16352643278497
2.97-3.270.19771410.15962717285899
3.27-3.740.17781600.15432693285398
3.74-4.710.1351300.14052658278897
4.71-40.830.21421320.17452731286397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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