+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xdm | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | ChCODH2 A559W mutant in anaerobic condition | |||||||||
Components | Carbon monoxide dehydrogenase 2 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Carbon monoxide dehydrogenase / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
Function / homology | Function and homology information anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide dehydrogenase (ferredoxin) activity / carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Carboxydothermus hydrogenoformans (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.74 Å | |||||||||
Authors | Heo, Y.Y. / Kim, S.M. | |||||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Nat Catal / Year: 2022 Title: O2-tolerant CO dehydrogenase via tunnel redesign for the removal of CO from industrial flue gas Authors: Kim, S.M. / Lee, J.H. / Kang, S.H. / Heo, Y.Y. / Yoon, H.J. / Hahn, J.S. / Lee, H.H. / Kim, Y.H. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7xdm.cif.gz | 144.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7xdm.ent.gz | 107 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7xdm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/7xdm | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7errC 7xdnC 7xdpC 1su7S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 69307.023 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A559W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Carboxydothermus hydrogenoformans (bacteria) Strain: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / Gene: cooS2, cooSII, CHY_0085 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / |
#3: Chemical | ChemComp-FES / |
#4: Chemical | ChemComp-NFS / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.26 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 200 mM MgCl2, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 11C / Wavelength: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 18, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.74→50 Å / Num. obs: 56045 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.595 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 384668 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1SU7 Resolution: 1.74→40.83 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.31 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.25 Å2 / Biso mean: 27.6013 Å2 / Biso min: 11.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.74→40.83 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|