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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xce | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ankyrin G in complex with neurofascin | ||||||
要素 | Neurofascin,Ankyrin-3 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / CELL ADHESION (細胞接着) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Schwann cell microvillus / positive regulation of sodium ion import across plasma membrane / Neurofascin interactions / positive regulation of cell communication by electrical coupling / positive regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of protein targeting / maintenance of protein location in plasma membrane / membrane assembly / protein localization to axon / clustering of voltage-gated sodium channels ...Schwann cell microvillus / positive regulation of sodium ion import across plasma membrane / Neurofascin interactions / positive regulation of cell communication by electrical coupling / positive regulation of membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of protein targeting / maintenance of protein location in plasma membrane / membrane assembly / protein localization to axon / clustering of voltage-gated sodium channels / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / protein localization to paranode region of axon / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / regulation of potassium ion transport / spectrin-associated cytoskeleton / magnesium ion homeostasis / paranodal junction assembly / positive regulation of membrane potential / protein localization to juxtaparanode region of axon / phosphorylation-dependent protein binding / paranodal junction / plasma membrane organization / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cation channel activity / axon initial segment / maintenance of protein location in cell / Golgi to plasma membrane protein transport / paranode region of axon / positive regulation of sodium ion transport / peripheral nervous system development / negative regulation of endocytosis / ランヴィエの絞輪 / costamere / cellular response to magnesium ion / anterograde axonal transport / Neutrophil degranulation / spectrin binding / neuromuscular junction development / axon development / transmission of nerve impulse / plasma membrane => GO:0005886 / mitotic cytokinesis / 介在板 / response to immobilization stress / lateral plasma membrane / neuronal action potential / positive regulation of protein targeting to membrane / axon cytoplasm / 横行小管 / cytoskeletal protein binding / 髄鞘 / 軸索誘導 / basal plasma membrane / 筋小胞体 / protein localization to plasma membrane / 軸索誘導 / synapse organization / brain development / neuromuscular junction / establishment of protein localization / structural constituent of cytoskeleton / 筋鞘 / 細胞接着 / Z disc / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / リソソーム / 細胞骨格 / neuron projection / cadherin binding / protein domain specific binding / 神経繊維 / シナプス / 樹状突起 / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | He, L. / Li, J. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of Ankyrin-G in complex with a fragment of Neurofascin reveals binding mechanisms required for integrity of the axon initial segment. 著者: He, L. / Jiang, W. / Li, J. / Wang, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xce.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xce.ent.gz | 41.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/7xce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/7xce | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5y4eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28700.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of Neurofascin, Linker, and Ankyrin-3 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nfasc, Ank3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97685, UniProt: O70511 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 % |
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結晶化 | 温度: 289.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 17% w/v polyethylene glycol 10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15440 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 2.027 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 83059 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5Y4E 解像度: 2.5→34.6 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.15 Å2 / Biso mean: 50.9493 Å2 / Biso min: 28.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→34.6 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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