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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xay | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Hat1-Hat2-Asf1-H3-H4 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Histone acetyltransferase (ヒストンアセチルトランスフェラーゼ) / Histones (ヒストン) / Enzymatic activity / Histone chaperone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / H3 histone acetyltransferase complex / HATs acetylate histones / Rpd3L complex / HDMs demethylate histones / Rpd3L-Expanded complex / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / H3 histone acetyltransferase complex / HATs acetylate histones / Rpd3L complex / HDMs demethylate histones / Rpd3L-Expanded complex / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones / acetyltransferase activator activity / histone H4 acetyltransferase activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / SUMOylation of chromatin organization proteins / replication fork protection complex / RMTs methylate histone arginines / : / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / rRNA transcription / subtelomeric heterochromatin formation / histone acetyltransferase complex / CENP-A containing nucleosome / histone acetyltransferase activity / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / 電子伝達系 / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of protein phosphorylation / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / chromosome, telomeric region / electron transfer activity / ペリプラズム / クロマチンリモデリング / iron ion binding / protein heterodimerization activity / DNA修復 / chromatin binding / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) Aspergillus fumigatus Af293 (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yue, Y. / Yang, W.S. / Xu, R.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2022 タイトル: Topography of histone H3-H4 interaction with the Hat1-Hat2 acetyltransferase complex. 著者: Yue, Y. / Yang, W.S. / Zhang, L. / Liu, C.P. / Xu, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xay.cif.gz | 211.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xay.ent.gz | 159.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xay.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/7xay | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4pswS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 48211.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: cybC, HAT1, YPL001W, LPA16W, YP8132.12 / 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q12341, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 45105.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HAT2, YEL056W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39984 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17545.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (アスペルギルス・フミガーツス) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: asf1, AFUA_3G11030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WXX5 |
#4: タンパク質 | 分子量: 15259.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: HHT1, YBR010W, YBR0201, HHT2, SIN2, YNL031C, N2749 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830 |
#5: タンパク質 | 分子量: 10719.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02309 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#6: 化合物 | ChemComp-COA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.18 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG-3350, and 200 mM sodium nitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→98.59 Å / Num. obs: 29577 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 59.48 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4740 / CC1/2: 0.742 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PSW 解像度: 3.3→22.4 Å / SU ML: 0.3833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8647 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→22.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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