+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x85 | ||||||
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Title | Crystal structure of chicken CENP-C Cupin domain | ||||||
Components | CENP-C | ||||||
Keywords | CELL CYCLE / Kinetochore / Centromere / Chromosome segregation / dimerization | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.639 Å | ||||||
Authors | Ariyoshi, M. / Hara, M. / Fukagawa, T. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2023 Title: Centromere/kinetochore is assembled through CENP-C oligomerization. Authors: Hara, M. / Ariyoshi, M. / Sano, T. / Nozawa, R.S. / Shinkai, S. / Onami, S. / Jansen, I. / Hirota, T. / Fukagawa, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7x85.cif.gz | 168.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7x85.ent.gz | 129.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7x85.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/7x85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/7x85 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2vpvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21209.314 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O57393 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M lithium citrate, 0.1 M MES-NaOH pH 6.5 and 20% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 0.99999 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jan 20, 2019 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.639→48.75 Å / Num. obs: 24156 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Redundancy: 19.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 17.8 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VPV Resolution: 2.639→47.558 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 24.883 / SU ML: 0.217 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.25 / Details: Hydrogens have not been used
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.076 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.639→47.558 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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