PDB-7x6h: Outer membrane lipoprotein QseG of Escherichia coli O157:H7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x6h

タイトル

Outer membrane lipoprotein QseG of Escherichia coli O157:H7

要素

Quorum-sensing regulator protein G

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Enterohemorrhagic Escherichia coli /

Two-component systems / Outer membrane lipoprotein

機能・相同性

Quorum-sensing regulator protein G / YfhG lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Quorum-sensing regulator protein G

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of QseE and QseG: elements of a three-component system from Escherichia coli.
著者: Matsumoto, K. / Fukuda, Y. / Inoue, T.

履歴

登録	2022年3月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x6h.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x6h.ent.gz	105.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/7x6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x6fC 7x6gC 8jwdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Quorum-sensing regulator protein G

B: Quorum-sensing regulator protein G

C: Quorum-sensing regulator protein G

D: Quorum-sensing regulator protein G

81.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Quorum-sensing regulator protein G

B: Quorum-sensing regulator protein G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Quorum-sensing regulator protein G

D: Quorum-sensing regulator protein G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.087, 123.808, 150.157
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Quorum-sensing regulator protein G 分子量: 20422.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: qseG, yfhG, Z3831, ECs3421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AD45
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 7.5, 13 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→47.76 Å / Num. obs: 25039 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.317 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2978 / CC_1/2: 0.749 / R_pim(I) all: 0.539 / R_rim(I) all: 1.425 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold structure

解像度: 2.6→35.903 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 20.375 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.748 / ESU R Free: 0.359
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2954	1231	4.929 %
R_work	0.2448	23744	-
all	0.247	-	-
obs	-	24975	99.816 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.221 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.351 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4937	0	0	43	4980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.711	1.647	6827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.353	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.778	22.047	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.401	15	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.738	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.288	0.2	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.075	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.273	7.986	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.872	11.966	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.589	8.211	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.334	12.186	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.015	105.074	7505

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.396	88	0.382	1715	0.382	1803	0.41	0.503	100	0.366
2.667-2.74	0.393	114	0.378	1626	0.379	1740	0.54	0.57	100	0.358
2.74-2.819	0.42	106	0.366	1643	0.37	1749	0.652	0.649	100	0.342
2.819-2.905	0.355	81	0.34	1562	0.341	1643	0.683	0.718	100	0.308
2.905-3	0.348	82	0.342	1557	0.342	1640	0.757	0.76	99.939	0.308
3-3.104	0.331	69	0.318	1478	0.319	1547	0.788	0.796	100	0.285
3.104-3.22	0.318	54	0.316	1479	0.316	1533	0.82	0.793	100	0.288
3.22-3.351	0.346	64	0.289	1370	0.291	1435	0.831	0.863	99.9303	0.261
3.351-3.498	0.331	81	0.265	1349	0.268	1430	0.846	0.892	100	0.239
3.498-3.667	0.278	55	0.249	1275	0.25	1330	0.884	0.91	100	0.23
3.667-3.864	0.328	62	0.241	1247	0.245	1309	0.864	0.904	100	0.227
3.864-4.095	0.272	62	0.232	1147	0.234	1212	0.902	0.919	99.7525	0.223
4.095-4.374	0.28	58	0.219	1074	0.222	1140	0.914	0.929	99.2982	0.212
4.374-4.718	0.291	43	0.196	1055	0.199	1109	0.916	0.947	99.0081	0.195
4.718-5.16	0.332	58	0.225	936	0.231	996	0.901	0.925	99.7992	0.224
5.16-5.754	0.371	41	0.257	868	0.263	909	0.89	0.906	100	0.247
5.754-6.616	0.343	32	0.258	788	0.261	820	0.882	0.927	100	0.259
6.616-8.035	0.235	29	0.201	678	0.202	707	0.933	0.944	100	0.21
8.035-11.089	0.158	31	0.123	551	0.126	582	0.976	0.979	100	0.14
11.089-35.903	0.224	21	0.211	346	0.212	371	0.926	0.944	98.9218	0.227

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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