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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wun | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UBR bof from PRT6 (RSG) | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 ligase UBR Box PRT6 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) Oryza sativa (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Ho, M.C. / Cao, C.C. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of UBR box from PRT6 著者: Ho, M.C. / Cao, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wun.cif.gz | 31.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wun.ent.gz | 18 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wun | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wukC 7wulC 7wumC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 319.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryza sativa (イネ) | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 7919.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: Os01g0148000, OSNPB_010148000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0P0UY23, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1M sodium citrate, 200mM NaCl, 0.1M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年8月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 9542 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 12.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 82066 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: D_1300027541 解像度: 1.53→23.54 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.89 Å2 / Biso mean: 17.8143 Å2 / Biso min: 8.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.53→23.54 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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