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- PDB-7wum: Crystal structure of UBR box from PRT6 (RDG pH 8.5) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wum
タイトルCrystal structure of UBR box from PRT6 (RDG pH 8.5)
要素
  • 3-mer peptide
  • E3 ubiquitin-protein ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / PRT6 UBR box
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase UBR1-like / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Ho, M.C. / Cao, C.C.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UBR box from PRT6
著者: Ho, M.C. / Cao, C.C.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 3-mer peptide
A: E3 ubiquitin-protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4635
ポリマ－8,2672
非ポリマー1963
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area560 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.756, 29.756, 115.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 3-mer peptide


分子量: 347.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryza sativa (イネ)
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase / PRT6


分子量: 7919.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: Os01g0148000, OSNPB_010148000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0P0UY23, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1M sodium citrate, 200mM NaCl and 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 8791 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 19.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.635 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.613.80.3212920.9640.1580.3610.7969.7
1.61-1.644.30.3124340.9860.1430.3460.86798.2
1.64-1.675.20.3024400.9790.1340.3320.848100
1.67-1.76.30.2774110.9840.1180.3020.873100
1.7-1.747.10.2924650.9790.1160.3150.917100
1.74-1.788.40.2654140.9870.0990.2830.88599.8
1.78-1.828.70.2584250.9910.0950.2760.906100
1.82-1.879.10.2244700.9920.0810.2390.95899.8
1.87-1.939.30.24200.990.0710.2131.048100
1.93-1.999.20.1864410.990.0670.1981.24599.5
1.99-2.0690.154240.9920.0550.161.334100
2.06-2.149.10.1394600.9920.0510.1481.501100
2.14-2.248.80.1164230.9930.0430.1241.71399.8
2.24-2.368.70.1064630.9950.040.1141.851100
2.36-2.5190.0954430.9940.0360.1012.00699.6
2.51-2.78.60.0924540.9960.0350.0992.49299.8
2.7-2.978.20.0794540.9970.030.0852.65699.6
2.97-3.47.50.0664570.9970.0270.0722.854100
3.4-4.296.60.0534840.9970.0230.0582.91799.6
4.29-5060.0535170.9960.0240.0583.00997.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1300027541

解像度: 1.58→25.77 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2105 875 10.03 %
Rwork0.1789 7848 -
obs0.1822 8723 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.56 Å2 / Biso mean: 28.4289 Å2 / Biso min: 14.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→25.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数560 0 3 41 604
Biso mean--21.89 35.67 -
残基数----73
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.58-1.670.26841330.2046118793
1.67-1.80.23541430.1554127799
1.8-1.980.20491450.2016131899
1.98-2.270.20731500.18181294100
2.27-2.860.23141460.19531338100
2.86-25.770.19671580.1684143499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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