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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wuk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UBR bof from PRT6 | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 ligase UBR Box PRT6 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryza sativa subsp. japonica (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Ho, M.C. / Lin, T.J. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of UBR box from PRT6 著者: Ho, M.C. / Lin, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wuk.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wuk.ent.gz | 15.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wuk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wuk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wulC 7wumC 7wunC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7919.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ) 遺伝子: Os01g0148000, OSNPB_010148000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0P0UY23, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 8% (v/v) Tacsimate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.2831 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2831 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 14336 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 1.254 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 88259 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.63→25.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.388 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.51 Å2 / Biso mean: 15.784 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→25.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.672 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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