PDB-7wu1: Crystal structure of phospholipase D from Moritella sp. JT01

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wu1

タイトル

Crystal structure of phospholipase D from Moritella sp. JT01

要素

Phospholipase D

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Glycerophosphate phosphodiesterase /

Hydrolysis (加水分解) /

glycerophosphorylcholine / lysophosphorylcholine

機能・相同性

機能・相同性情報

organophosphate metabolic process /

phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / cellular biosynthetic process /

phospholipase D activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Moritella sp. JT01 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wang, Y.H. / Mao, X.J. / Wang, J. / Wang, F.H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phospholipase D from Moritella sp. JT01
著者: Wang, Y.H. / Mao, X.J. / Wang, J. / Wang, F.H.

履歴

登録	2022年2月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wu1.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wu1.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wu1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1f0iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospholipase D

B: Phospholipase D

C: Phospholipase D

D: Phospholipase D

E: Phospholipase D

F: Phospholipase D

ヘテロ分子

373 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.897, 216.644, 277.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Phospholipase D / 分子量: 61993.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moritella sp. JT01 (バクテリア) / 遺伝子: AKG98_3441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A137SLD1, phospholipase D
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium/HCl pH 7.4, 0.8 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→23.36 Å / Num. obs: 484769 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 65.73 Å² / CC_1/2: 0.304 / Net I/σ(I): 0.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 24724 / CC_1/2: 0.304

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F0I

1f0i

解像度: 2.3→19.81 Å / SU ML: 0.431 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 28.9766
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	3873	0.8 %
R_work	0.2116	480896	-
obs	0.2116	484769	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25452	0	55	984	26491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	26003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9358	35381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	4040
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8668	9239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3808	133	0.4146	16958	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.33-2.36	0.4345	141	0.3995	17217	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.36-2.39	0.3788	138	0.3909	17118	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.39-2.42	0.43	139	0.3757	17183	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.42-2.46	0.3855	140	0.3716	17220	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.46-2.49	0.3988	137	0.3684	17140	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.49-2.53	0.3483	140	0.3465	17228	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.53-2.57	0.3193	139	0.3336	17241	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.57-2.62	0.3913	139	0.3221	17162	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.62-2.66	0.292	138	0.3187	17147	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.66-2.72	0.294	136	0.3012	17184	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.72-2.77	0.2978	138	0.2926	17214	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.77-2.83	0.2706	140	0.2844	17108	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.83-2.9	0.3045	140	0.2679	17139	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.9-2.97	0.2831	141	0.2631	17151	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.97-3.05	0.2734	142	0.2422	17321	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.05-3.14	0.2684	132	0.2385	17177	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.14-3.24	0.2283	139	0.2356	17205	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.24-3.35	0.2154	137	0.2225	17217	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.35-3.49	0.2195	135	0.2177	17176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.65	0.1974	137	0.2046	17084	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.65-3.84	0.2065	139	0.1922	17141	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.84-4.07	0.2057	139	0.1831	17312	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.39	0.1529	138	0.1657	17115	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.82	0.165	138	0.1595	17208	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-5.51	0.1644	141	0.1677	17207	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.51-6.89	0.1595	137	0.1862	17168	X-RAY DIFFRACTION	100
6.89-19.81	0.1815	140	0.1642	17155	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.59480744222	0.536870368417	-0.513664461465	2.4031787354	-0.0249933370219	1.38544586097	-0.052297375984	0.138346925324	0.385277662939	-0.334720315484	0.0516576628771	0.103608393483	0.0414261253332	0.0162996078385	0.00422927278875	0.472082018049	0.0112563548015	-0.0713226453643	0.591449121849	-0.000525498648473	0.423817389903	71.9575042321	150.855675448	128.044632886
2	1.57218961607	0.767359650994	-1.37376667281	2.8268076476	0.693949532601	3.57459832814	-0.0710370606773	-0.262481157649	0.127216419843	0.23400792421	0.0515494538121	0.0782469289184	0.105548661109	0.134094936696	0.0962728520679	0.321542154759	0.0134974157176	-0.0624820343827	0.625251496698	-0.0163817591591	0.569176756481	68.8975739876	157.500751645	143.649712035
3	1.27141176769	-0.242278115364	-0.00422598826242	2.02917339615	0.141626960881	1.17534266616	-0.0739727054647	0.0538702832271	-0.161092129327	-0.19752716291	-0.00530262580674	0.404844344766	0.240857478322	-0.192926017784	0.0645052429616	0.448075298188	-0.0583127325352	-0.0491948593854	0.587737570296	-0.00690490600407	0.569360867237	63.0890488397	137.740261352	134.710670129
4	2.05345625141	0.720006835741	0.87088245319	3.0343239036	0.683192020654	2.09973780384	0.205872307729	-0.337690974973	-0.0832717019605	0.527622171398	-0.0389700152416	0.359102746121	0.25500733072	-0.32752915614	-0.131501669672	0.63300771846	-0.00747049817986	0.0934509392722	0.602616384304	0.0297254813422	0.699523334775	23.8199228833	165.935069824	203.600644716
5	2.46248480304	-0.986032755919	0.434041941048	4.23879889793	0.00469660783484	3.32489262427	0.270891782885	-0.164345105881	-0.390562684872	0.291164130501	-0.0913768776909	-0.302019643593	0.433113263784	0.0377307676112	-0.113161123988	0.739256530223	-0.0657187759284	-0.0411968607241	0.542606603879	0.0677710414851	0.662277265179	30.7212084972	149.824354498	204.517526598
6	2.31678573417	0.253664358966	-0.405836678269	2.50100155381	-0.135609938209	1.43888902587	0.047507495191	-0.0560008791427	-0.456527991364	-0.0942488592382	-0.0220639970718	0.0928420025758	0.245589379663	-0.0199931702755	-0.0490195033749	0.625802513639	-0.0194828127882	-0.00329627591154	0.495354512969	0.0205858268875	0.546662813161	31.6714589062	155.385714191	194.76974818
7	1.66275225072	0.0919212203959	0.725720490576	1.94135124505	0.0212821300561	1.77393805406	0.0149309375015	0.0115059786884	-0.361182153028	-0.114810247073	-0.019999335039	0.268639863993	0.383081301304	-0.121627421883	-0.0207260728176	0.802930498181	-0.0753963493602	-0.0299525187172	0.624198060666	0.0206484537675	0.872381062776	22.7497699446	146.566197233	193.076086462
8	2.52983444996	0.684743005956	0.652673060487	2.15150337001	0.114053439758	2.05724999212	-0.162793006152	0.339425106338	0.140545448759	-0.51097131472	0.118516380551	0.204010454168	-0.248602075933	0.00618889800594	0.02205784884	0.712179507825	-0.00195774023453	-0.0260762196891	0.541054178657	0.0161789984759	0.499732579427	31.9374358795	173.415233099	183.137905684
9	1.69406214145	-0.311548098327	-0.913479849344	1.88218919296	0.27208987995	2.50705219679	0.179040222274	-0.0355920682399	0.265788598137	-0.0229619379446	0.108159588285	-0.270339077309	-0.286170361016	0.27164813591	-0.236005666401	0.517106105515	-0.0773696070061	0.0463321516893	0.614709878015	-0.101040453268	0.567961997096	72.6471336526	184.085584067	181.516473933
10	1.58013203027	-0.96752644673	-1.50447042059	4.83153149026	-0.44375302746	5.06237590685	-0.0964264552528	0.126093995145	-0.0655094314152	0.0317734140144	0.266738791765	0.0901057440155	0.259686871881	-0.00902202694349	-0.155269466492	0.448942421494	0.00595477259402	-0.0474683052816	0.660432711227	-0.0609806212285	0.509501450372	73.0013064545	172.910567745	171.006861845
11	1.35154808872	-0.391672481569	-0.617009278868	1.2163356773	0.599051302177	2.28657733684	-0.0692998785941	-0.153341495247	-0.116563139559	0.315143458089	0.135120823298	-0.0773362496692	0.236434825093	0.3270146463	-0.0744619081303	0.552000240905	0.0406455079465	-0.049290149612	0.603711192766	-0.0239957888796	0.511966828276	68.7224990155	170.460433595	189.65286726
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18	1.65056839152	-0.436576706399	-0.0999033894928	2.32376976112	0.138493558054	0.805102132391	-0.145993675971	0.0203066471174	0.152078340703	0.192867172643	-0.014745314304	-0.390397654515	-0.00553745771644	0.107596902527	0.172110585452	0.771187730475	-0.0581656662424	-0.0508586081424	0.576603530945	0.146147875066	0.647949879124	56.9336274408	97.9784296784	209.422981315
19	1.57656940459	-0.655873911523	-0.213266881096	2.57588552171	-0.769736240416	1.97655778767	0.0938697933189	0.43774311372	-0.267649319502	-0.270050015599	-0.277983655759	0.266753356057	0.206751807474	-0.19768568149	0.200460529594	0.634744901423	-0.0807624518717	-0.118532256197	0.806840577437	-0.0688979280731	0.617144363254	36.3274148194	82.8464611355	176.723804086
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21	1.14613902195	-0.422632980741	-0.33202841477	1.75353055185	0.27637547111	1.70801884638	0.146260417843	0.405141679514	-0.0104334209845	-0.216325665451	-0.25188930935	0.241864532183	-0.270875745922	-0.285105491905	0.0979442744495	0.621475388827	0.0355910537056	-0.100666680535	0.808801090114	0.0628805589691	0.577544885714	35.0743837111	97.9341323811	179.442166308

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 11 through 112 )	A	A	11 - 112	1 - 102
2	2	chain 'A' and (resid 113 through 217 )	A	A	113 - 217	103 - 201
3	3	chain 'A' and (resid 218 through 554 )	A	A	218 - 554	202 - 538
4	4	chain 'B' and (resid 11 through 112 )	B	D	11 - 112	1 - 102
5	5	chain 'B' and (resid 113 through 217 )	B	D	113 - 217	103 - 205
6	6	chain 'B' and (resid 218 through 296 )	B	D	218 - 296	206 - 284
7	7	chain 'B' and (resid 297 through 363 )	B	D	297 - 363	285 - 351
8	8	chain 'B' and (resid 364 through 554 )	B	D	364 - 554	352 - 542
9	9	chain 'C' and (resid 10 through 112 )	C	E	10 - 112	1 - 103
10	10	chain 'C' and (resid 113 through 195 )	C	E	113 - 195	104 - 186
11	11	chain 'C' and (resid 196 through 554 )	C	E	196 - 554	187 - 542
12	12	chain 'D' and (resid 10 through 235 )	D	F	10 - 235	1 - 223
13	13	chain 'D' and (resid 236 through 554 )	D	F	236 - 554	224 - 542
14	14	chain 'E' and (resid 10 through 112 )	E	G	10 - 112	1 - 103
15	15	chain 'E' and (resid 113 through 195 )	E	G	113 - 195	104 - 186
16	16	chain 'E' and (resid 196 through 260 )	E	G	196 - 260	187 - 251
17	17	chain 'E' and (resid 261 through 363 )	E	G	261 - 363	252 - 354
18	18	chain 'E' and (resid 364 through 554 )	E	G	364 - 554	355 - 545
19	19	chain 'F' and (resid 10 through 112 )	F	H	10 - 112	1 - 103
20	20	chain 'F' and (resid 113 through 151 )	F	H	113 - 151	104 - 142
21	21	chain 'F' and (resid 152 through 554 )	F	H	152 - 554	143 - 545

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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