+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wu1 | |||||||||
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Title | Crystal structure of phospholipase D from Moritella sp. JT01 | |||||||||
Components | Phospholipase D | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycerophosphate phosphodiesterase / Hydrolysis / glycerophosphorylcholine / lysophosphorylcholine | |||||||||
Function / homology | Function and homology information organophosphate metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipase D / phospholipase D activity / cellular biosynthetic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Moritella sp. JT01 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Wang, Y.H. / Mao, X.J. / Wang, J. / Wang, F.H. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of phospholipase D from Moritella sp. JT01 Authors: Wang, Y.H. / Mao, X.J. / Wang, J. / Wang, F.H. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wu1.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7wu1.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wu1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/7wu1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1f0iS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61993.965 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Moritella sp. JT01 (bacteria) / Gene: AKG98_3441 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A137SLD1, phospholipase D #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES sodium/HCl pH 7.4, 0.8 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9791 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→23.36 Å / Num. obs: 484769 / % possible obs: 99.69 % / Redundancy: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 65.73 Å2 / CC1/2: 0.304 / Net I/σ(I): 0.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 24724 / CC1/2: 0.304 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1F0I Resolution: 2.3→19.81 Å / SU ML: 0.431 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / Phase error: 28.9766 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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