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- PDB-7wrg: Crystal structure of full-length kinesin-3 KLP-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wrg
タイトルCrystal structure of full-length kinesin-3 KLP-6
要素Kinesin-like protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Kinesin (キネシン) / ATPase (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


non-motile cilium / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / ミトコンドリア / microtubule binding / 微小管 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 ...non-motile cilium / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / ミトコンドリア / microtubule binding / 微小管 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like protein / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain ...Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like protein / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / C2 domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Wang, W.J. / Ren, J.Q. / Song, W.Y. / Feng, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The architecture of kinesin-3 KLP-6 reveals a multilevel-lockdown mechanism for autoinhibition.
著者: Wang, W. / Ren, J. / Song, W. / Zhang, Y. / Feng, W.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein
B: Kinesin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,5546
ポリマ－214,6512
非ポリマー9034
水543
1
A: Kinesin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7773
ポリマ－107,3261
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area38350 Å2
手法PISA
2
B: Kinesin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7773
ポリマ－107,3261
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area37470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.138, 68.816, 253.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein


分子量: 107325.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: klp-6, CELE_R144.1, R144.1 / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G5EFQ4
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Sodium Malonate, 22% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→50 Å / Num. obs: 32692 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.95 / CC star: 0.987 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.16→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique obs: 3292 / CC1/2: 0.811 / CC star: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A1Z, 5B64, 3FM8

6a1z

5b64

3fm8


解像度: 3.16→33.2 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 1622 4.97 %
Rwork0.2131 31021 -
obs0.2157 32643 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 203.35 Å2 / Biso min: 4.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.16→33.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12530 0 56 3 12589
Biso mean--69.34 19.92 -
残基数----1595
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.16-3.260.30631160.2775220785
3.26-3.360.34681410.2599260199
3.36-3.480.31181350.2496259399
3.48-3.620.2791320.2384259598
3.62-3.780.27061100.2325259998
3.78-3.980.29191180.2172265499
3.98-4.230.23711370.2067262999
4.23-4.560.25461470.18432587100
4.56-5.020.21291480.1812261699
5.02-5.740.24161380.2042261598
5.74-7.220.28591500.23172652100
7.22-100.23791500.1844267397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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