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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wr6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ADP-riboxanated caspase-4 in complex with Af1521 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ADP-riboxanation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カスパーゼ-4 / non-canonical inflammasome complex / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / non-canonical inflammasome complex assembly / canonical inflammasome complex / CARD domain binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis ...カスパーゼ-4 / non-canonical inflammasome complex / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / positive regulation of interleukin-18-mediated signaling pathway / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / non-canonical inflammasome complex assembly / canonical inflammasome complex / CARD domain binding / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / pyroptotic inflammatory response / protein autoprocessing / protein maturation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway / lipopolysaccharide binding / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / cysteine-type endopeptidase activity / 自然免疫系 / lipid binding / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / タンパク質分解 / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, Y.J. / Zeng, H. / Shao, F. / Ding, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023 タイトル: Structural mechanisms of calmodulin activation of Shigella effector OspC3 to ADP-riboxanate caspase-4/11 and block pyroptosis. 著者: Hou, Y. / Zeng, H. / Li, Z. / Feng, N. / Meng, F. / Xu, Y. / Li, L. / Shao, F. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wr6.cif.gz | 132.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wr6.ent.gz | 80.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/7wr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32095.428 Da / 分子数: 1 / 変異: C258A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP4, ICH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49662, カスパーゼ-4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21706.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 株: ATCC 49558 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / VC-16 / 遺伝子: AF_1521 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O28751, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-5ZY / [[( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 27% PEG 3350, 0.05M CAPSO pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→38.45 Å / Num. obs: 34358 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 12.88 % / Biso Wilson estimate: 34.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 24.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique obs: 2364 / CC1/2: 0.936 / Rrim(I) all: 0.69 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BFQ, 7WR0 解像度: 1.96→38.45 Å / SU ML: 0.2302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.7199 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→38.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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