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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7woo | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / nuclear pore complex (核膜孔) / inner ring (C・S・ルイス) / protomer / Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear pore linkers / : / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore organization ...nuclear pore linkers / : / mRNA export from nucleus in response to heat stress / nuclear pore inner ring / protein localization to nuclear inner membrane / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / nuclear pore organization / nuclear pore complex assembly / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / nuclear pore nuclear basket / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / heterochromatin formation / 核膜孔 / nuclear periphery / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / phospholipid binding / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / 核膜 / molecular adaptor activity / chromatin binding / protein-containing complex binding / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z.Q. / Chen, S.J.B. / Zhao, L. / Sui, S.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Near-atomic structure of the inner ring of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex. 著者: Zongqiang Li / Shuaijiabin Chen / Liang Zhao / Guoqiang Huang / Xiong Pi / Shan Sun / Peiyi Wang / Sen-Fang Sui / 要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate bidirectional nucleocytoplasmic transport of substances in eukaryotic cells. However, the accurate molecular arrangement of NPCs remains enigmatic owing to their ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate bidirectional nucleocytoplasmic transport of substances in eukaryotic cells. However, the accurate molecular arrangement of NPCs remains enigmatic owing to their huge size and highly dynamic nature. Here we determined the structure of the asymmetric unit of the inner ring (IR monomer) at 3.73 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy, and created an atomic model of the intact IR consisting of 192 molecules of 8 nucleoporins. In each IR monomer, the Z-shaped Nup188-Nup192 complex in the middle layer is sandwiched by two approximately parallel rhomboidal structures in the inner and outer layers, while Nup188, Nup192 and Nic96 link all subunits to constitute a relatively stable IR monomer. In contrast, the intact IR is assembled by loose and instable interactions between IR monomers. These structures, together with previously reported structural information of IR, reveal two distinct interaction modes between IR monomers and extensive flexible connections in IR assembly, providing a structural basis for the stability and malleability of IR. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7woo.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7woo.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7woo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/7woo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/7woo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 32653MC 7wo9C 7wotC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 12分子 AZCDEFGJHKIL
#1: タンパク質 | 分子量: 96291.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34077 #2: タンパク質 | | 分子量: 156827.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40064 #3: タンパク質 | | 分子量: 169651.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38181 #4: タンパク質 | | 分子量: 188753.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P52593 #5: タンパク質 | | 分子量: 191718.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47054 #6: タンパク質 | 分子量: 49174.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02199 #7: タンパク質 | 分子量: 57547.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48837 #8: タンパク質 | 分子量: 86611.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14907 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1266268 / 対称性のタイプ: POINT |