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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wok | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HSA soaked with cisplatin for one week | ||||||
要素 | Albuminアルブミン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Human serum albumin / Cisplatin (シスプラチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, S.L. / Yuan, C. / Jiang, L.G. / Luo, Z.P. / Huang, M.D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022 タイトル: Crystallographic analysis of interaction between cisplatin and human serum albumin: Effect of fatty acid. 著者: Chen, S.L. / Yuan, C. / Jiang, L.G. / Luo, Z.P. / Huang, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wok.cif.gz | 236.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wok.ent.gz | 188.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wok.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/7wok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/7wok | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wojC 1ao6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69469.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768 #2: 化合物 | ChemComp-CPT / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26-32% PEG 3350, 50mM PB at pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月26日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 25610 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 24.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 2520 / CC1/2: 0.667 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AO6 解像度: 2.9→36.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.299 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 396.71 Å2 / Biso mean: 116.83 Å2 / Biso min: 42.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→36.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.905→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
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