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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wnu | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis Rnase J complex with 7nt RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, J. / Hu, J. / Bao, L. / Zhan, B. / Li, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural ans functional study of RNase J from Mycobacterium tuberculosis 著者: Li, J. / Hu, J. / Bao, L. / Zhan, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wnu.cif.gz | 241.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wnu.ent.gz | 175.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wnu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/7wnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/7wnu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7wntC 3zq4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59601.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: rnj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGZ9, Β-ラクタマーゼ #2: RNA鎖 | 分子量: 2259.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES pH 7.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→42.88 Å / Num. obs: 21660 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 59.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0405 / Net I/σ(I): 16.77 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.314 Å / Rmerge(I) obs: 0.156 / Num. unique obs: 2157 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ZQ4 解像度: 3.2→42.88 Å / SU ML: 0.3647 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9492 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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