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万見
- PDB-7wml: A novel chemical derivative(85) of THRB agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wml
タイトルA novel chemical derivative(85) of THRB agonist
要素
  • Isoform Beta-2 of Thyroid hormone receptor beta
  • Nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription factor (転写因子) / ligand. (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / type I pneumocyte differentiation ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / sensory perception of sound / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / 細胞分化 / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Thyroid hormone receptor / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9IQ / Thyroid hormone receptor beta / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Yao, B.Q. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770814 中国
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Highly Selective and H435R-Sensitive Thyroid Hormone Receptor beta Agonist.
著者: Li, Q. / Yao, B. / Zhao, S. / Lu, Z. / Zhang, Y. / Xiang, Q. / Wu, X. / Yu, H. / Zhang, C. / Li, J. / Zhuang, X. / Wu, D. / Li, Y. / Xu, Y.
#1: ジャーナル: iScience / 年: 2019
タイトル: Revealing a Mutant-Induced Receptor Allosteric Mechanism for the Thyroid Hormone Resistance.
著者: Yao, B. / Wei, Y. / Zhang, S. / Tian, S. / Xu, S. / Wang, R. / Zheng, W. / Li, Y.
履歴
登録2022年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Beta-2 of Thyroid hormone receptor beta
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3033
ポリマ－30,7612
非ポリマー5431
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.810, 107.810, 57.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-641-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform Beta-2 of Thyroid hormone receptor beta


分子量: 29410.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10828
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2


分子量: 1349.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-9IQ / 2-[[7-[4-(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-2,6-dimethyl-phenoxy]-1-ethoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid


分子量: 542.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H30N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgSO4 and 12% PEG 6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 10251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.863 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 127983
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.66-2.7112.51.9415000.8950.5892.0311.871100
2.71-2.7613.31.8385010.6890.5181.910.54100
2.76-2.8113.31.3044920.7640.3691.3560.543100
2.81-2.8713.20.884980.9110.2510.9150.528100
2.87-2.93130.7765000.9170.2230.8080.565100
2.93-312.80.695080.9240.20.7190.589100
3-3.0712.20.4665010.9630.1390.4870.6899.8
3.07-3.1512.40.3194950.9710.0930.3330.594100
3.15-3.2512.30.2475060.9870.0730.2580.638100
3.25-3.3513.40.195090.990.0540.1980.681100
3.35-3.4712.40.2154950.9790.0670.2261.515100
3.47-3.61130.1185190.9950.0340.1220.924100
3.61-3.7712.30.1354970.9930.0410.1421.456100
3.77-3.9711.70.1025170.9920.0320.1071.496100
3.97-4.2211.90.0625110.9970.0190.0650.913100
4.22-4.5512.90.0535170.9990.0150.0550.868100
4.55-5130.0495160.9980.0140.0510.836100
5-5.7312.20.0475330.9990.0140.0490.733100
5.73-7.2111.80.0445500.9980.0130.0460.653100
7.21-5010.50.0385860.9990.0120.040.769100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KKB

6kkb


解像度: 2.67→48.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 26.006 / SU ML: 0.249 / SU R Cruickshank DPI: 1.1482 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.148 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 445 4.9 %RANDOM
Rwork0.2193 ---
obs0.2205 8567 89.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.33 Å2 / Biso mean: 46.083 Å2 / Biso min: 8.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1916 0 40 41 1997
Biso mean--67.23 34.28 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0131999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0151933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.6422701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5151.5784457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3335234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08122.16597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.52915357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1231511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02435
LS精密化 シェル解像度: 2.671→2.741 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 2 -
Rwork0.367 27 -
all-29 -
obs--3.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2466-0.8945-0.00312.11840.33141.1724-0.0412-0.0273-0.0968-0.0343-0.0892-0.1075-0.03780.13820.13050.07840.0602-0.01820.07720.01550.044-17.7954-35.3546-7.3824
21.86373.76382.17748.17676.05729.8314-0.0690.07770.29780.0093-0.02290.52960.1390.35860.09190.0582-0.114-0.01550.30610.0170.1845-0.4784-27.3979-13.7278
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A211 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2B741 - 751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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