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万見
- PDB-7wkk: Cryo-EM structure of the IR subunit from X. laevis NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkk
タイトルCryo-EM structure of the IR subunit from X. laevis NPC
要素
  • Aaas-prov protein
  • IL4I1 protein
  • MGC83295 protein
  • MGC84997 protein
  • Nuclear pore complex protein Nup93核膜孔
  • Nucleoporin NDC1
  • Nup155-prov protein
  • Nup188 domain-containing protein
  • Nup54Nucleoporin 54
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / nuclear pore complex (核膜孔) / inner ring (C・S・ルイス) / Nup205 / Nup93 / Nup188 / Nup155 / NDC1 / Aladin (アラジン)
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore inner ring / nuclear pore organization / nuclear pore complex assembly / structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / mRNA transport / 核膜孔 / nuclear periphery / protein import into nucleus ...nuclear pore inner ring / nuclear pore organization / nuclear pore complex assembly / structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / mRNA transport / 核膜孔 / nuclear periphery / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / membrane => GO:0016020 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin protein Ndc1-Nup / アラジン / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Nucleoporin FG repeated region / Nup54, C-terminal interacting domain / Nup54 C-terminal interacting domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 ...Nucleoporin protein Ndc1-Nup / アラジン / Nucleoporin protein Ndc1-Nup / Nucleoporin FG repeated region / Nup54, C-terminal interacting domain / Nup54 C-terminal interacting domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin Nup188 / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Armadillo-type fold / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nup188 domain-containing protein / Nucleoporin 54kDa S homeolog isoform X2 / MGC84997 protein / MGC83295 protein / Nucleoporin NDC1 / Aaas-prov protein / Nucleoporin 155kDa L homeolog / Nuclear pore complex protein Nup93 / IL4I1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Huang, G. / Zhan, X. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the inner ring from the Xenopus laevis nuclear pore complex.
著者: Gaoxingyu Huang / Xiechao Zhan / Chao Zeng / Ke Liang / Xuechen Zhu / Yanyu Zhao / Pan Wang / Qifan Wang / Qiang Zhou / Qinghua Tao / Minhao Liu / Jianlin Lei / Chuangye Yan / Yigong Shi /
要旨: Nuclear pore complex (NPC) mediates nucleocytoplasmic shuttling. Here we present single-particle cryo-electron microscopy structure of the inner ring (IR) subunit from the Xenopus laevis NPC at an ...Nuclear pore complex (NPC) mediates nucleocytoplasmic shuttling. Here we present single-particle cryo-electron microscopy structure of the inner ring (IR) subunit from the Xenopus laevis NPC at an average resolution of 4.2 Å. A homo-dimer of Nup205 resides at the center of the IR subunit, flanked by two molecules of Nup188. Four molecules of Nup93 each places an extended helix into the axial groove of Nup205 or Nup188, together constituting the central scaffold. The channel nucleoporin hetero-trimer of Nup62/58/54 is anchored on the central scaffold. Six Nup155 molecules interact with the central scaffold and together with the NDC1-ALADIN hetero-dimers anchor the IR subunit to the nuclear envelope and to outer rings. The scarce inter-subunit contacts may allow sufficient latitude in conformation and diameter of the IR. Our structure reveals the molecular basis for the IR subunit assembly of a vertebrate NPC.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGC83295 protein
B: Nup188 domain-containing protein
C: Nuclear pore complex protein Nup93
D: Nup155-prov protein
E: Nuclear pore complex protein Nup93
F: Nup155-prov protein
G: Nup54
H: IL4I1 protein
I: MGC84997 protein
J: Nup54
L: IL4I1 protein
K: MGC84997 protein
M: Nup155-prov protein
a: MGC83295 protein
b: Nup188 domain-containing protein
c: Nuclear pore complex protein Nup93
d: Nup155-prov protein
e: Nuclear pore complex protein Nup93
f: Nup155-prov protein
g: Nup54
h: IL4I1 protein
i: MGC84997 protein
j: Nup54
l: IL4I1 protein
k: MGC84997 protein
m: Nup155-prov protein
O: Aaas-prov protein
N: Nucleoporin NDC1
o: Aaas-prov protein
n: Nucleoporin NDC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,117,50330
ポリマ－3,117,50330
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 9種, 30分子 AaBbCEceDFMdfmGJgjHLhlIKikOoNn

#1: タンパク質 MGC83295 protein / Nup205


分子量: 227854.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q642R6
#2: タンパク質 Nup188 domain-containing protein


分子量: 195848.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: A0A1L8F1N1
#3: タンパク質
Nuclear pore complex protein Nup93 / 核膜孔 / 93 kDa nucleoporin / An4a / Nucleoporin Nup93


分子量: 93565.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZX96
#4: タンパク質
Nup155-prov protein


分子量: 154922.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q7ZWL0
#5: タンパク質
Nup54 / Nucleoporin 54


分子量: 58618.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: K9ZTJ6
#6: タンパク質
IL4I1 protein / Nup62 / Nuclear pore complex glycoprotein p62


分子量: 55969.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q91349
#7: タンパク質
MGC84997 protein / Nup58


分子量: 61216.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q5EAX5
#8: タンパク質 Aaas-prov protein / ALADIN


分子量: 57120.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q6DCM0
#9: タンパク質 Nucleoporin NDC1 / xNDC1 / Transmembrane protein 48


分子量: 74420.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q6AX31

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The IR subunit / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2093631 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.2 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00392625
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.485128758
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.94418476
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03917923
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00318476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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