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- PDB-7wem: Solid-state NMR Structure of TFo c-Subunit Ring -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wem
タイトルSolid-state NMR Structure of TFo c-Subunit Ring
要素ATP synthase subunit c
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / decamer helices ring in membrane ATP synthase rotor
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lipid binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit c
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. PS3 (バクテリア)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Akutsu, H. / Todokoro, Y. / Kang, S.-J. / Suzuki, T. / Yoshida, M. / Ikegami, T. / Fujiwara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Chemical Conformation of the Essential Glutamate Site of the c -Ring within Thermophilic Bacillus F o F 1 -ATP Synthase Determined by Solid-State NMR Based on its Isolated c -Ring Structure.
著者: Todokoro, Y. / Kang, S.J. / Suzuki, T. / Ikegami, T. / Kainosho, M. / Yoshida, M. / Fujiwara, T. / Akutsu, H.
履歴
登録2021年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit c
B: ATP synthase subunit c
C: ATP synthase subunit c
D: ATP synthase subunit c
E: ATP synthase subunit c
F: ATP synthase subunit c
G: ATP synthase subunit c
H: ATP synthase subunit c
I: ATP synthase subunit c
J: ATP synthase subunit c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,88910
ポリマ－73,88910
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area29830 Å2
ΔGint-308 kcal/mol
Surface area26270 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10010 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
ATP synthase subunit c / / ATP synthase F(0) sector subunit c / F-type ATPase subunit c / F-ATPase subunit c / Lipid-binding protein


分子量: 7388.850 Da / 分子数: 10 / 変異: S2H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. PS3 (バクテリア) / 株: PS3 / 遺伝子: atpE, uncE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00845

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 13C DARR
121isotropic22D 13C DARR

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試料調製

詳細タイプ: liposome
内容: 83 ug/uL 13C ATP synthase c-subunit ring, solid-state
Label: 13C-sample / 溶媒系: solid-state
試料濃度: 83 ug/uL / 構成要素: ATP synthase c-subunit ring / Isotopic labeling: 13C
試料状態詳細: frozen / イオン強度: 10 mM / Label: conditions 1 / pH: 7.5 pD / 圧: ambient atm / 温度: 233 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Infinity plusVarianInfinity plus6001
Varian Infinity plusVarianInfinity plus7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH with an energy function EEFx
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 10 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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