+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wda | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure LpqY in complex with Trehalose from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Trehalose-binding lipoprotein LpqY | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / LpqY (レプティス・マグナ) / Trehalose (トレハロース) / SugABC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ペリプラズム / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, D. / Das, U. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Structural analysis of LpqY, a substrate-binding protein from the SugABC transporter of Mycobacterium tuberculosis, provides insights into its trehalose specificity. 著者: Sharma, D. / Singh, M. / Kaur, P. / Das, U. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wda.cif.gz | 739 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7wda.ent.gz | 544.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wda.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wda | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7wcjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
3 |
| ||||||||||
4 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47353.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: lpqY, Rv1235 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGU9 #2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / トレハロース #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Eliptical mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→48.03 Å / Num. obs: 137970 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 33.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.97 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 4.29 / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 13670 / CC1/2: 0.279 / Rpim(I) all: 1.3 / % possible all: 95.83 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7WCJ 解像度: 1.91→48.03 Å / SU ML: 0.2805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.1014 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→48.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|