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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w5d | |||||||||||||||
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タイトル | High resolution structure of lectin-ike Ox-LDL Receptor 1 | |||||||||||||||
![]() | Oxidized low-density lipoprotein receptor 1 | |||||||||||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / Lectin-like Ox-LDL receptor 1 / ![]() | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() low-density lipoprotein particle receptor activity / lipoprotein metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Tomar, A. / Arockiasamy, A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High Resolution Structure of Lectin-Like Ox-LDL Receptor 1 著者: Tomar, A. / Arockiasamy, A. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ypqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15668.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 % |
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結晶化![]() | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: protein 8mg/ml, 10mM Tris-HCl, 150mM NaCl, 1.1 M Sodium Malonate, 0.1M HEPES pH 7, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.01→75.724 Å / Num. obs: 105602 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 12.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 307143 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.9 %
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1YPQ 解像度: 1.141→16.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU R Cruickshank DPI: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.038 / SU Rfree Blow DPI: 0.039 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.036
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原子変位パラメータ | Biso max: 74.77 Å2 / Biso mean: 17.33 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.141→16.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.141→1.15 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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