PDB-7vwp: Structure of the flavin-dependent monooxygenase FlsO1 from the bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vwp

タイトル

Structure of the flavin-dependent monooxygenase FlsO1 from the biosynthesis of fluostatinsin

要素

FlsO1

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

hydroxylation (ヒドロキシル化) / benzo[b]-fluorene /

epoxidation (エポキシド) /

Baeyer-Villiger Oxidation (バイヤー・ビリガー酸化) / prejadomycin

機能・相同性

FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily /

フラビンアデニンジヌクレオチド /

リン酸塩 / FlsO1

機能・相同性情報

生物種

Micromonospora rosaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Yang, C. / Zhang, L. / Zhang, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural insights of multifunctional flavin-dependent monooxygenase FlsO1-catalyzed unexpected xanthone formation
著者: Yang, C. / Zhang, L. / Zhang, W. / Huang, C. / Zhu, Y. / Jiang, X. / Liu, W. / Zhao, M. / De, B.C. / Zhang, C.

履歴

登録	2021年11月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vwp.cif.gz	407.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vwp.ent.gz	318.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qa1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: FlsO1

A: FlsO1

B: FlsO1

C: FlsO1

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
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1

A: FlsO1

ヘテロ分子

D: FlsO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FlsO1

ヘテロ分子

C: FlsO1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.540, 84.636, 102.799
Angle α, β, γ (deg.)	91.314, 107.860, 115.391
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	FlsO1 分子量: 53276.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora rosaria (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0P0I576
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→13.182 Å / Num. obs: 95967 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4703

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CrysalisPro	1.171.39.7e	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QA1

2qa1

解像度: 2.3→13.182 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 8.819 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	4704	4.922 %
R_work	0.2115	90862	-
all	0.214	-	-
obs	-	95566	98.523 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.263 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.811 Å²	-1.894 Å²	0.969 Å²
2-	-	-0.351 Å²	0.291 Å²
3-	-	-	0.332 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→13.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14414	0	283	1015	15712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	15032
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	1.641	20454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.293	1.578	32248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.111	5	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.767	20.113	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.835	15	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.541	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	17212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	13931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	7048
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	7918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.029	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.227	3.063	7699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.227	3.063	7698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.506	4.577	9594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.506	4.577	9595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.271	3.22	7333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.267	3.22	7330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.583	4.763	10860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.583	4.763	10861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.015	35.215	16815
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.954	35.114	16583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.369	355	0.276	6690	X-RAY DIFFRACTION	97.5897
2.36-2.424	0.307	326	0.255	6541	X-RAY DIFFRACTION	98.8769
2.424-2.495	0.325	322	0.244	6472	X-RAY DIFFRACTION	99.6626
2.495-2.571	0.342	325	0.251	6309	X-RAY DIFFRACTION	99.6994
2.571-2.656	0.335	315	0.249	6020	X-RAY DIFFRACTION	99.8896
2.656-2.749	0.319	317	0.246	5879	X-RAY DIFFRACTION	99.6142
2.749-2.852	0.292	260	0.232	5671	X-RAY DIFFRACTION	99.5301
2.852-2.969	0.294	267	0.234	5459	X-RAY DIFFRACTION	99.4788
2.969-3.101	0.31	257	0.232	5200	X-RAY DIFFRACTION	99.2182
3.101-3.252	0.297	266	0.228	4964	X-RAY DIFFRACTION	99.1469
3.252-3.427	0.286	246	0.226	4714	X-RAY DIFFRACTION	99.2397
3.427-3.635	0.248	232	0.212	4470	X-RAY DIFFRACTION	98.5125
3.635-3.886	0.276	263	0.199	4117	X-RAY DIFFRACTION	99.1174
3.886-4.196	0.242	207	0.185	3867	X-RAY DIFFRACTION	98.501
4.196-4.596	0.198	192	0.154	3573	X-RAY DIFFRACTION	98.793
4.596-5.137	0.204	163	0.155	3269	X-RAY DIFFRACTION	98.6774
5.137-5.929	0.217	151	0.187	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.0112
5.929-7.255	0.21	121	0.196	2422	X-RAY DIFFRACTION	98.9879
7.255-10.231	0.188	88	0.153	1871	X-RAY DIFFRACTION	98.3928
10.231-13.182	0.236	31	0.183	501	X-RAY DIFFRACTION	48.2321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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