PDB-7vni: AHR-ARNT PAS-B heterodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vni

タイトル

AHR-ARNT PAS-B heterodimer

要素

Ahr homolog spineless
Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

transcription factor (転写因子) /

ligand binding domain (リガンド)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / Phase I - Functionalization of compounds /

生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.997 Å

データ登録者

Dai, S.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insight into the ligand binding mechanism of aryl hydrocarbon receptor.
著者: Dai, S. / Qu, L. / Li, J. / Zhang, Y. / Jiang, L. / Wei, H. / Guo, M. / Chen, X. / Chen, Y.

履歴

登録	2021年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vni.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vni.ent.gz	163 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vni	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vnaC 7vnhC 3f1oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (18) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (11) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (4) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (18)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (11)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (4)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (4)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (6)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

B: Ahr homolog spineless

D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

A: Ahr homolog spineless

C: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

ヘテロ分子

54.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Ahr homolog spineless

D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Ahr homolog spineless

C: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.030, 55.553, 77.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.050, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ahr homolog spineless 分子量: 13811.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: ss, CG6993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O61543
#2: タンパク質	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1- ...ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta 分子量: 13097.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53762
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium arsenate (pH 6.5), 0.2 M MgCl2, 2 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→45 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 1927 / CC_1/2: 0.72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F1O

3f1o

解像度: 1.997→44.908 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1999	5.48 %
R_work	0.1795	34450	-
obs	0.1816	36449	95.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.76 Å² / B_iso mean: 31.8741 Å² / B_iso min: 10.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.997→44.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3550	0	15	421	3986
B_iso mean	-	-	42.52	39.37	-
残基数	-	-	-	-	432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.825	4917
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	519
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.849	2364

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9972-2.0472	0.2893	118	0.2413	2040	79
2.0472-2.1025	0.2495	131	0.2061	2246	87
2.1025-2.1644	0.2545	145	0.202	2510	97
2.1644-2.2343	0.2208	144	0.1913	2465	97
2.2343-2.3141	0.2047	146	0.1752	2514	97
2.3141-2.4067	0.1961	144	0.1805	2481	97
2.4067-2.5163	0.207	140	0.1847	2410	93
2.5163-2.6489	0.2266	146	0.1821	2526	98
2.6489-2.8149	0.2533	146	0.1879	2517	98
2.8149-3.0322	0.251	147	0.1806	2529	98
3.0322-3.3372	0.2248	144	0.1726	2485	95
3.3372-3.8199	0.2133	149	0.1604	2569	99
3.8199-4.8118	0.1813	148	0.1502	2543	97
4.8118-44.9	0.2135	151	0.2039	2615	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2019	-0.2148	-1.1674	4.2319	1.0568	3.5769	-0.0383	0.7652	0.3069	-0.0107	0.1652	0.4526	-0.3845	-0.4674	-0.2668	0.2061	0.0486	0.0269	0.4195	0.1192	0.2189	-20.1432	14.8457	1.2783
2	3.1454	-2.167	0.3568	6.7176	-1.121	2.8062	0.0253	0.4428	0.2487	0.2952	0.1599	0.1819	-0.4314	-0.088	-0.2343	0.2367	0.0164	0.0526	0.4753	0.0343	0.2106	-11.9846	9.8107	-0.6327
3	2.216	0.7494	1.3025	2.4873	-0.9748	1.664	0.1928	0.6516	0.7231	-0.2745	0.1557	0.405	-0.7396	-0.1894	-0.2391	0.7892	0.1684	0.309	0.4303	0.2207	0.4519	-16.6575	23.5234	0.2365
4	2.1262	1.0644	-2.46	2.1124	-0.7068	4.0899	0.0585	0.629	0.0064	0.3776	0.0735	0.2431	-0.0983	-0.0178	-0.5411	1.0259	-0.105	0.1941	0.6033	-0.0322	0.49	-7.9527	20.5004	-0.9754
5	2.5329	-2.411	-3.1612	2.2984	2.9701	4.139	-0.0494	1.0312	0.5584	-1.3336	0.2292	-0.4827	-0.5491	-0.3092	-0.045	0.3985	-0.1848	0.0024	0.6794	0.1957	0.264	-5.192	13.922	-0.103
6	2.5416	-0.2449	0.18	1.604	0.7808	2.2055	-0.026	0.203	0.1889	-0.0567	0.0579	-0.202	-0.0707	-0.1905	-0.0528	0.1282	-0.0407	0.0199	0.2456	-0.0018	0.1847	-13.2637	6.6614	12.3531
7	3.2315	3.6286	-2.2257	4.3632	-1.6541	4.1117	-0.1225	0.5271	0.7372	-0.4193	0.1678	-0.3472	-0.4061	0.271	-0.1387	0.2484	-0.0466	0.0582	0.3113	0.1131	0.5246	-11.6564	20.4525	11.3102
8	2.2575	-0.3903	-0.6289	1.2126	-0.4571	2.2494	0.0518	0.7397	0.2652	-0.2869	0.0636	-0.1033	-0.0326	-0.3601	0.017	0.1441	-0.0536	0.0248	0.3919	0.0362	0.2714	-17.868	12.536	7.781
9	2.9725	-0.5634	-0.3197	4.0206	0.6911	3.7866	-0.064	0.841	0.0088	-0.4235	0.0655	0.1554	0.0024	-0.2071	-0.031	0.1774	-0.0165	0.0269	0.4835	0.0238	0.2289	-19.2669	7.0733	1.0787
10	4.8805	-0.2404	0.2972	5.0376	-1.2795	5.3253	-0.0657	-0.4221	0.8086	0.4722	-0.0741	0.1987	-0.7176	-0.4582	-0.1635	0.2135	0.008	0.0615	0.2969	-0.0747	0.3837	-21.0836	18.6217	20.3701
11	1.8832	-0.1883	-0.1978	2.8548	1.0619	1.9155	-0.2667	0.1731	0.7735	0.076	0.0399	0.1156	-0.3542	-0.0093	0.034	0.1871	0.0037	-0.0597	0.1156	-0.0271	0.3376	4.5446	19.7233	18.1745
12	0.3112	-0.1408	-0.6344	1.0999	-0.4055	1.7627	-0.1973	0.3717	0.6681	0.0423	-0.0231	0.0181	-0.413	0.5137	0.0616	0.1929	-0.0961	-0.0877	0.1963	0.0869	0.3417	14.3769	17.6889	17.0316
13	4.6031	2.5375	2.344	4.8423	2.1935	4.6561	-0.0595	0.401	-0.353	-0.1175	0.1309	-0.3781	0.1219	0.6388	-0.0236	0.182	0.0195	0.0219	0.1881	0.0025	0.19	15.4034	6.1099	19.5612
14	4.4068	-1.8659	1.5899	5.0007	2.2886	2.7044	0.4241	0.3038	-0.6994	0.2854	0.1961	0.5357	0.7116	-0.2836	0.1158	0.2698	-0.0544	-0.044	0.2269	0.0498	0.3875	3.0547	-1.1496	18.3889
15	0.4031	-0.9751	0.0837	2.8374	-0.7173	0.5951	-0.2777	-0.0889	0.6202	0.4041	-0.0805	-0.1907	-0.3493	0.3242	-0.7752	0.3362	-0.041	-0.093	0.1624	-0.0295	0.3506	13.8956	18.2913	25.9781
16	3.4503	0.8572	1.7861	1.7708	0.765	2.8028	0.0608	0.0025	-0.1919	0.1184	-0.0269	-0.0802	-0.0296	-0.2863	-0.0409	0.1359	0.0034	0.025	0.123	-0.0196	0.1504	3.3457	7.3714	18.0828
17	3.1152	0.2452	1.2671	3.0872	1.8893	7.2942	-0.0628	-0.0415	0.1496	0.0788	0.0985	0.004	-0.1863	-0.2649	-0.0412	0.1193	-0.003	0.024	0.1195	-0.0154	0.1758	2.9614	11.184	19.5346
18	3.2124	0.5458	1.1305	0.6745	-0.0373	0.8452	-0.0869	0.4394	-0.1985	-0.2455	0.0242	-0.141	0.1322	0.109	-1.5651	0.1241	-0.315	-0.1876	0.5406	-0.1636	0.1478	-30.3569	-10.242	6.6458
19	4.5237	2.9962	0.2496	5.3524	0.8763	0.1649	0.246	0.7032	-0.1856	-0.3613	0.2356	0.2661	0.1332	-0.4591	-0.2753	0.1389	-0.0244	-0.0233	0.4164	0.0644	0.2136	-37.7416	1.0871	16.3147
20	0.2738	-0.566	0.1892	1.2213	-0.5983	1.8881	-0.0842	0.4291	-0.4831	-0.467	0.2838	0.1344	0.3907	-0.3189	0.037	0.3039	-0.1471	0.0023	0.4914	-0.1318	0.3549	-36.3073	-13.8364	10.1232
21	7.3398	-3.9931	0.4552	4.7876	0.5909	4.55	-0.1318	1.1719	-0.2073	-0.1522	0.3649	0.2403	0.6656	-0.3728	-0.2021	0.2799	-0.1375	-0.0297	0.3773	-0.0413	0.4025	-41.4629	-13.0138	16.3673
22	1.6913	-0.1315	0.2759	1.8207	-0.0621	1.3086	0.0092	0.3312	0.0323	-0.0661	0.0836	0.0141	0.1487	0.0346	-0.0986	0.1106	-0.0239	-0.0094	0.2266	0.0043	0.1347	-28.7624	-0.8475	20.0149
23	7.9262	5.5402	-1.3004	5.9465	-1.174	0.8942	-0.2189	0.0769	-0.4741	-0.112	0.0574	-0.0183	0.4971	-0.3846	0.1291	0.2751	-0.0971	0.0067	0.242	-0.0562	0.2158	-28.4978	-13.7071	20.5174
24	2.6937	-0.7362	0.4454	2.9559	0.1412	2.2207	0.094	0.8012	0.0112	-0.4301	-0.0469	0.2171	0.0805	-0.222	-0.0349	0.1503	-0.0808	-0.0219	0.403	0.0285	0.1566	-30.9397	-2.1215	10.1819
25	2.5546	-0.1	-0.0745	4.5554	1.67	3.3697	0.1133	0.4014	-0.4333	-0.1492	-0.0567	-0.8594	0.4808	0.7091	-0.146	0.2238	0.08	0.0605	0.2553	-0.0209	0.3357	-15.7576	-11.3043	18.1388
26	0.5537	0.1635	0.089	2.6775	-0.3092	0.8406	0.1728	0.0178	-0.3113	0.1694	0.207	-0.0061	1.0635	-0.0902	0.5093	0.6566	-0.0573	-0.0288	-0.1422	0.0358	0.1813	-33.1415	-13.1237	37.7966
27	1.3611	0.9389	-0.2327	1.5807	-1.2298	1.3056	0.0141	-0.3037	0.0529	0.3901	-0.0941	0.4755	0.6923	-0.6883	-0.5092	0.4824	-0.0721	0.1149	0.2361	-0.0187	0.2051	-37.2866	-2.6717	47.9275
28	2.8932	-2.2407	-1.8863	5.7852	-1.1546	2.9202	-0.2438	0.1416	0.467	-0.2557	0.0982	-0.4587	-0.5135	-0.3056	0.1438	0.4828	-0.0272	-0.0763	0.13	0.0063	0.2201	-31.3011	7.7722	36.6456
29	0.4694	0.3167	-0.1142	2.4878	-0.4548	0.0896	0.0846	-0.24	-0.2845	0.5106	-0.0985	-0.315	0.7625	-0.2518	-0.0573	0.8502	-0.0414	-0.0679	0.1908	0.0334	0.3107	-30.4192	-11.2668	49.6276
30	1.4511	0.5124	-0.4516	1.8096	-0.8312	2.7169	-0.0571	0.0465	0.0246	0.4199	0.1146	-0.122	0.0903	0.0316	0.0257	0.2497	0.034	-0.0238	0.0958	-0.0245	0.1718	-30.9958	-2.171	36.9222

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 269 through 274 )	B	269 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 275 through 284 )	B	275 - 284
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 285 through 291 )	B	285 - 291
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 292 through 299 )	B	292 - 299
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 300 through 304 )	B	300 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 305 through 330 )	B	305 - 330
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 331 through 341 )	B	331 - 341
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 342 through 354 )	B	342 - 354
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 355 through 368 )	B	355 - 368
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 369 through 380 )	B	369 - 380
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 361 through 391 )	D	361 - 391
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 392 through 401 )	D	392 - 401
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 402 through 417 )	D	402 - 417
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 418 through 422 )	D	418 - 422
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 423 through 435 )	D	423 - 435
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 436 through 453 )	D	436 - 453
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 454 through 464 )	D	454 - 464
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 267 through 274 )	A	267 - 274
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 275 through 279 )	A	275 - 279
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 280 through 291 )	A	280 - 291
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 292 through 299 )	A	292 - 299
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 300 through 330 )	A	300 - 330
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 331 through 341 )	A	331 - 341
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 342 through 368 )	A	342 - 368
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 369 through 381 )	A	369 - 381
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 362 through 395 )	C	362 - 395
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 396 through 417 )	C	396 - 417
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 418 through 422 )	C	418 - 422
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 423 through 435 )	C	423 - 435
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 436 through 464 )	C	436 - 464

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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