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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vni | ||||||
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タイトル | AHR-ARNT PAS-B heterodimer | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / transcription factor (転写因子) / ligand binding domain (リガンド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor ...regulation of R7 cell differentiation / antennal development / specification of animal organ identity / imaginal disc-derived leg segmentation / antennal morphogenesis / Phase I - Functionalization of compounds / 生体異物 / Aryl hydrocarbon receptor signalling / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Endogenous sterols / male courtship behavior / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of protein sumoylation / regulation of dendrite morphogenesis / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / xenobiotic metabolic process / response to toxic substance / 記憶 / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / cellular response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, S.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural insight into the ligand binding mechanism of aryl hydrocarbon receptor. 著者: Dai, S. / Qu, L. / Li, J. / Zhang, Y. / Jiang, L. / Wei, H. / Guo, M. / Chen, X. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vni.cif.gz | 204.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vni.ent.gz | 163 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7vnaC 7vnhC 3f1oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13811.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: ss, CG6993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O61543 #2: タンパク質 | 分子量: 13097.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arnt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53762 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium arsenate (pH 6.5), 0.2 M MgCl2, 2 M (NH4)2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.975 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→45 Å / Num. obs: 36452 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / Num. unique obs: 1927 / CC1/2: 0.72 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3F1O 解像度: 1.997→44.908 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.76 Å2 / Biso mean: 31.8741 Å2 / Biso min: 10.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.997→44.908 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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