+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vmf | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana HDT2 | |||||||||
![]() | Histone deacetylase HDT2 | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() polarity specification of adaxial/abaxial axis / seed dormancy process / DNA-mediated transformation / plant-type cell wall / root development / plant-type vacuole / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kumar, A. / Bobde, R.C. / Vasudevan, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Plant-specific HDT family histone deacetylases are nucleoplasmins. 著者: Bobde, R.C. / Kumar, A. / Vasudevan, D. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 162.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10365.731 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: HDT2, HD2, HD2B, HDA4, At5g22650, MDJ22.7 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M ammonium phosphate dibasic pH-8.0, 20%W/V PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.32→49.07 Å / Num. obs: 111734 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4443 / CC1/2: 0.853 / % possible all: 77.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6J2Z 解像度: 1.32→46.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.786 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.148 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→46.77 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20
|