PDB-7viu: Crystal structure of Au(200EQ)-apo-R168C/L169C-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7viu

タイトル

Crystal structure of Au(200EQ)-apo-R168C/L169C-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN /

ferritin (フェリチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

: / intracellular sequestering of iron ion /

ferric iron binding /

ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lu, C. / Peng, X. / Maity, B. / Ito, N. / Abe, S. / Ueno, T. / Lu, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Design of a gold clustering site in an engineered apo-ferritin cage.
著者: Lu, C. / Maity, B. / Peng, X. / Ito, N. / Abe, S. / Sheng, X. / Ueno, T. / Lu, D.

履歴

登録	2021年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7viu.cif.gz	60.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7viu.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7viu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7viu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7viu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vioC 7vipC 7viqC 7virC 7visC 7vitC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (11)
#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion X-ray structure
537 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_554	-x,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_554	x,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	13_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	14_554	-y,-x,-z-1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_554	y,z+1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	34_554	-y,z+1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	35_544	y,-z-1/2,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	36_544	-y,-z-1/2,x-1/2	1
crystal symmetry operation	41_554	x,z+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_554	-x,z+1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_544	x,-z-1/2,y-1/2	1
crystal symmetry operation	53_554	z+1/2,x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	54_554	z+1/2,-x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	55_454	-z-1/2,-x,y-1/2	1
crystal symmetry operation	56_454	-z-1/2,x,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	69_554	z+1/2,y,-x-1/2	1
crystal symmetry operation	70_554	z+1/2,-y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	71_454	-z-1/2,y,x-1/2	1
crystal symmetry operation	72_454	-z-1/2,-y,-x-1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.786, 180.786, 180.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-207- CD
2	1	A-208- CD
3	1	A-218- CD
4	1	A-486- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / / Ferritin L subunit 分子量: 19808.361 Da / 分子数: 1 / 変異: R168C/L169C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 6種, 217分子

#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Cadmium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.540562 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→12.95 Å / Num. obs: 40835 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 24.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1955 / CC_1/2: 0.943

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro	171.40_64.67a	データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dat

1dat

解像度: 1.5→12.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.154 / WR_factor R_work: 0.141 / SU B: 0.852 / SU ML: 0.032 / Average fsc free: 0.9646 / Average fsc work: 0.9683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1668	2069	5.067 %
R_work	0.1513	38763	-
all	0.152	-	-
obs	-	40832	99.612 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→12.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1372	0	48	197	1617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.627	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.161	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.321	22.727	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.341	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.341	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.081	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.246	0.975	703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.976	1.451	882
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.894	1.305	759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.116	1.829	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.841	15.545	2374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.233	150	0.182	2782	X-RAY DIFFRACTION	98.3563
1.539-1.581	0.199	128	0.165	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
1.581-1.627	0.159	150	0.155	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.627-1.677	0.161	133	0.151	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.677-1.732	0.173	133	0.146	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.732-1.793	0.175	126	0.151	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.861	0.184	120	0.147	2385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.861-1.937	0.161	116	0.151	2282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-2.023	0.166	103	0.15	2200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.023-2.121	0.178	120	0.148	2092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.236	0.188	114	0.142	2008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.372	0.17	95	0.144	1908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.535	0.163	97	0.144	1791	X-RAY DIFFRACTION	99.9471
2.535-2.738	0.164	94	0.15	1678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.738-2.999	0.164	86	0.15	1558	X-RAY DIFFRACTION	99.9392
2.999-3.353	0.145	84	0.146	1405	X-RAY DIFFRACTION	99.7321
3.353-3.871	0.135	73	0.139	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.871-4.74	0.147	68	0.147	1082	X-RAY DIFFRACTION	99.9131
4.74-6.696	0.17	57	0.182	867	X-RAY DIFFRACTION	100
6.696-12.95	0.186	22	0.175	452	X-RAY DIFFRACTION	82.2917

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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